肛瘘是肛管直肠周围瘘性脓肿自然破溃或切开引流的后遗症，不能自愈。早期肛瘘形成，病人可无症状，仅于肛周可扪及通向肛内的硬结，或有间隙性肛周溢液、肛门潮湿等症状，当医院诊断为“肛瘘”建议手术时，总是抱有侥幸心理，想避免手术从而可导致严重后果。事实上，原发病灶不去除，就犹如隐藏了一个“隐形炸弹”，当其再次发作时，病情已经复杂化。平时无症状，病情也会发展的原因在于肛管直肠的特殊位置，粪便、细菌每天光顾，肛管直肠的肌肉经常处于舒缩的状态，再加上饮食不洁、腹泻、饮酒嗜辣等不良生活习惯，完全可以导致病情发展为复杂性肛瘘。
复杂性肛瘘特别是高位复杂性肛瘘是国际上目前较为难治性疾病，说其难治，是因为管道处于括约肌深部，内口位置复杂，探明其走向及内口位置，极其困难，虽然目前有较为先进的三维腔内超声检查法、螺旋CT三维成像、磁共振成像等检查方法，也仅能提供瘘道与周围组织的关系，对于原发病灶暂时处于稳定状态、内口闭合的患者，根本无法判断内口的正确位置，因而手术存在一定的复发风险，同时由于管道复杂，窜行于肛周括约肌之间，切除管道过多，将难以避免手术对肛周括约肌的损伤。
肛瘘一旦形成，理应及早手术治疗，手术是根治肛瘘的唯一途径，而此时手术，原发病灶清晰可寻、管道单纯，手术对肛周括约肌的损伤极小，不会对肛门功能造成影响，恢复时间也较短。
有研究表明：反复多年的肛瘘感染可以恶化，严重影响身心健康。
所以，肛瘘的手术应及早，避免复杂化，对于确已复杂化的肛瘘的患者，目前的医学观点为：出于保护肛门括约肌的目的，必要时应分次手术切除为宜，对手术风险较大，无法手术切除的患者，提倡带瘘生存、门诊随访。
