1、克罗恩病肛瘘
在全身治疗的同时尽量以保守治疗为主。无症状的克罗恩病肛瘘无需手术治疗；低位克罗恩病肛瘘采用瘘管切开术；。口病明医治疗瘘，临床详细的病史和局部肌深层以上。侵犯耻骨直肠肌复杂性克罗恩病肛瘘可长期虚挂线引流作姑息性治疗。如直肠粘膜肉眼大体正常可采用推移直肠黏膜瓣闭合内口。
2、结核性肛瘘
需结合全身抗结核治疗（异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素等）配合中药局部使用（包括中药膏剂及坐浴），其成分主要有：黄柏、紫草、马齿苋、苦参、白芷、当归、枯矾、乳香、没药等。
3、婴幼儿肛瘘
以表浅瘘为主，有自愈可能。非手术治疗无效者可选择切开术。
婴幼儿肛瘘以低位单纯性肛瘘为主，占90％以上。在处理上因婴幼儿肛门直肠肌肉发育不全，应避免多次、过大、过深的手术[7]。其手术适应症为：短期内（3个月内）反复发作，且扩大化、复杂化趋势且排便次数＜3次/天。必须经全体家属同意、确认。
