肛瘘是直肠、肛管与周围皮肤组织发生变性相通的一类疾病，临床以肛旁肿块反复痛胀溢脓为特征，经久不愈。肛瘘一旦形成，自然愈合的可能性很小，即使外口闭合病情稳定也是暂时的，待机体抵抗力下降仍会出现急性发病。手术是肛瘘患者的唯一选择。
中医对肛瘘手术的最大贡献是应用挂线疗法治疗高位肛瘘，减少了肛管括约肌的损伤，有效地避免了肛瘘术后各种并发症的发生。目前的肛瘘手术方法可分为两种：即切断括约肌和保留括约肌的手术方法，切断括约肌的手术方法以传统的经典肛瘘切开术为代表，为临床常用的基本术式。但其仅适于低位单纯性肛瘘；保留括约肌的手术方法的核心是切除原发病灶及瘘道而不切断肛门括约肌。这类术式由于保留了肛门括约肌，故而肛门的功能得到了良好的保护，而且损伤小，疗程短，但若内口封闭不当，仍然存在病灶清理不彻底等复发的可能。
近年来，中医针对保留括约肌的肛瘘手术方法有了深入的研究和长足的发展，如针对多窦道高位复杂性肛瘘采用同期多侧挂线通过控制挂线的松紧，来控制脱线时间，从而达到同期手术、分期脱线、一次治愈的目的；针对多支管复杂性肛瘘采用线管拖线引流来治疗，通过合理清除内口，主管开放、支管拖线引流，不必全部切除瘘管，避免了手术过多损伤肛周组织，达到了保护肛门的目的。中医还认为，手术是肛瘘治愈的第一要素，术后换药则是肛瘘治愈的第二要素，合理的术后换药有利于促进创面愈合，防止创口假性愈合和愈合迟缓乃至复发，术后数十种中药外用特色药膏、丹、散剂，应用于术后的不同阶段，分别具有清热凉血、祛腐生肌、散瘀止痛、生肌收口等功效，从而有效地避免了感染、溃疡、疼痛等情况发生，及时促进创面愈合。
虽然肛瘘的根治问题已得到了较好地解决，对肛门功能的保护也有很大的提高，然而要使肛瘘得以彻底根治，又使肛门的功能得到很好的保护，关键在于肛瘘的早日手术，以免病情复杂化，由此更可以减少肛管的组织损伤。平时肛瘘患者应注意养成良好的生活和饮食习惯，增强体质，提高抵抗力配合手术治疗从而可以使肛瘘的根治和肛门功能的保护达到最佳水平。
