对于药物难治性癫痫患者，还可以选择具有明确治疗作用的饮食治疗方案，如生酮饮食。生酮饮食起源于古希腊时期，当时人们不了解癫痫疾病的真正原因，误以为是邪魔附体，于是把癫痫患者关押起来，狱中的患者禁食了数天后反而发作减少，从而发现饥饿疗法可以治疗癫痫。于是一种通过模拟机体在饥饿状态下的代谢模式发明了生酮饮食，减少碳水化合物而增加了脂肪摄入，使脂肪在肝脏中代谢产生酮体，酮体具有抗惊厥的作用，因而可控制癫痫发作。
生酮饮食用于治疗难治性癫痫至今已有近百年历史，应用于儿童有效率已得到公认约为50％，近年来才开始逐步用于成人，总体有效率约41％，给无法手术的难治性癫痫患者带来福音。
生酮饮食分类：
1、经典的生酮：生酮比例4：1，脂肪成分主要是长链甘油三酯，产酮较高，主要应用于婴幼儿，饮食控制较为严格。
2、中链甘油三酯饮食：中链甘油三酯饮食曾用于儿童及青少年，更容易产生酮体，但对部分患儿可产生胃肠道刺激而出现呕吐、腹泻、肠痉挛。
3、低血糖指数疗法：生酮比例为0.6:1，主要依赖于摄入升糖指数低于50的食物，如扁豆、全谷物面包、加工过的燕麦片、橄榄油、柚子、黄瓜等，可按照糖尿病患者推荐的饮食品种选择。
4、改良的阿特金斯饮食是近年来新兴的饮食疗法，不需严格限制热卡、蛋白质和液体量，不用精确称量食物和调整食物比例，患者容易耐受，但疗效稍逊于经典的生酮饮食，一般推荐患者特别是成人患者可以首选改良的阿特金斯饮食，若控制效果不好，可以通过严格限制饮食，转化为经典的生酮饮食治疗。
生酮饮食的适应症：
各种原因导致的难治性癫痫癫痫综合征：婴儿痉挛症，Lennox-Gastaut综合征，Dravet综合征，Doose综合征等；葡萄糖载体蛋白1（GLUT-1）缺陷症、丙酮酸脱氢酶缺陷症（PDHD）。
生酮饮食的禁忌症：
脂肪酸氧化和转运缺陷症；丙酮酸羧化酶缺陷；肉毒碱缺乏症；酮体的合成或分解障碍；线粒体疾病；严重的肝脏疾病；糖尿病、高血压、高脂血症、心脑血管疾病、周围血管病等生酮饮食治疗方案开始生酮饮食疗法需住院至少一周，由专业的营养师根据患者制定个体化饮食方案，饮食开始时需警惕低血糖反应，故而住院期间每天需要监测血糖、血酮变化，饮食额外需要补充维生素及矿物质。出院后需要定期复查相应的指标，如血脂、微量元素、电解质等。一般是要求每位患者至少要坚持3个月，这期间由营养师根据患者的情况做一些精细调整以期达到最适合患者的饮食方案而完全控制发作。患者在家中可自己定期测血酮血糖，或通过测尿酮间接判断血酮水平。部分患者在饮食治疗开始后一周内可起效，甚至有饮食治疗后完全无发作停止药物治疗的案例出现。无发作两年或者不用抗癫痫药物而且无发作一年可以逐步过渡到普通饮食。饮食期间如果减停药物，要严格遵从医生的指导，不可自行减停药物。
生酮饮食不良反应
低血糖反应，常在饮食开始时容易出现，可有倦怠、出汗、心慌。胃肠道反应（呕吐、腹胀、腹泻），有些患者放弃继续坚持生酮饮食治疗大多因为不能耐受胃肠道的副作用。部分患者可出现高胆固醇血症，饮食治疗结束后可恢复至正常。便秘、体重减轻、乏力、维生素及矿物质缺乏等较少见。肾结石并不常见，避免同时服用妥泰等易并发肾结石的药物。过度酮症、酸中毒、胰腺炎较罕见。
生酮饮食的“委屈”
生酮饮食也有很多“委屈”，不少患者包括部分医生对生酮饮食存在偏见，不敢尝试，是因为对生酮饮食没有正确认识。
有人认为酮症是一种坏现象，源于对糖尿病酮症酸中毒的误解。狩猎时代我们的祖先常因找不到猎物而数天不能进食，机体会燃烧自身的脂肪提供能量来生存。人体靠储存的葡萄糖仅能生存三天，而依赖储存的脂肪则可以生存数周。生酮饮食治疗的患者血酮体一般波动于3~5mmol/L，且机体对三大营养物质代谢正常，不会出现酸中毒。从不完全燃烧的脂肪而来的酮症并不是不健康的。
有人认为脂肪不是好东西，会导致高血脂、动脉粥样硬化、冠心病，很多医生一直强调患者需要低脂饮食。然而有研究发现，使用生酮饮食的患者，进食高脂肪饮食两年以上，血脂水平波动并不大，即使有部分患者出现轻微的血脂升高，也会在停止饮食治疗后恢复正常水平。当然如果是成人患者有糖尿病、高血压、高脂血症、心脑血管疾病等基础疾病是不适合生酮饮食治疗的。
还有人认为高脂肪饮食会导致肥胖。高脂肪饮食同时限制热量摄入是不会增加体重的。甚至很多成人选择高脂肪饮食来减肥，改良的阿特金斯饮食就是由此演变而来。
