隨著認識的提高，目前認為畸胎瘤最適合做腹腔鏡。如果能在手術中將腫瘤的內容物清理乾淨，並用較多生理鹽水沖洗腹腔後，前述的情況就不會發生了。
由於畸胎瘤的容物為是毛髮，骨片和油脂，如果手術中不注意，會搞得滿腹腔都是，尤其是如果進入了腸道間隙，清理起來很困難。
但是，如果在手術中注意一些細節，如在剔除中發現瘤子破裂或者完整剔除後要取出的時候，迅速讓病人處於頭高腳低的位置(而腹腔鏡手術中大多數時候是頭低腳高)，手術床都有這樣的功能。這樣，腫瘤內容物即使溢出，也都在子宮和膀胱之間，或者在子宮和直腸之間，不會進入層層疊疊的小腸之間，很容易清理。
無論是開腹，還是腹腔鏡，畸胎瘤都能被剔除乾淨。因為，與其他卵巢囊腫(如卵巢巧克力囊腫)相比，成熟囊性畸胎瘤的層次比較清楚，剝離起來較為容易。
