氣味
質量比較好的花菇應該是香氣純正自然沒有異味，聞起來較舒服。而市面上有些花菇聞起來有股酸味或明顯的農藥味，這樣的花菇一般質量都不過關，多是變質了或是化學成分較多，吃了對人體會有傷害，大家在選購時千萬不能選擇。
外觀
一般來說，上乘的花菇個頭比較大，上面的花紋比較自然，表面沒有蟲子咬過的痕跡，雜質較少，花菇傘肥厚，蓋面平滑。而劣質的一般個頭不是很大，有時細看表面還會有小蟲子咬過的跡象，雜質相對多一些，表面有時會出現縮水的狀態。
加工
優質的花菇一般會把根剪乾淨，方便食用，並且使用的是全脫水加工，幹度較好，水分大約在13%左右，營養成分保留的較好。一些劣質的花菇多數會把根保留下來，採用的是曬乾處理，水分在10-11%左右，有的比這還要少一點，營養成分流失的較多。
色澤
質量上乘的花菇在生產過程中一般是不添加農藥肥料或激素的，多數是純天然加工，精挑細選，一般可以達到有機食品的標準。就表面色澤來看，多數是比較自然的，不會過白或是過黃。而市場上有些商家利用價格比較便宜的香菇替代花菇，這樣的產品大多是，紋路較少，色澤暗淡，有的表面還有褶皺。
肉質
選花菇千萬不要忘記看它的肉質，我們可以把花菇掰開仔細檢查，一般優質花菇掰開後是半球形，大卷邊，菊花心狀白色開裂的為上品，肉質較厚，但是較軟，有白色帶微黃的細紋。而一些質量不是很好的花菇多數肉質較薄，較硬。
