腎臟損害
約1%～3%的急性腎功能損傷是源於急性間質性腎炎。研究者認為，PPIs所致急性間質性腎炎是PPIs的類效應。自1992年第1例因奧美拉唑引起的急性間質性腎炎病例報道以來，PPIs所致的急性間質性腎炎時有報道。
國外對24例經活檢確診為腎小管間質性腎炎的病例進行分析發現，其中8例與奧美拉唑和潘托拉唑有關。對64例經活檢確診為急性間質性腎炎病例進行回顧性分析發現，有52例與PPIs相關。其中，奧美拉唑最為常見(38例)，接下來依次為艾美拉唑(5例)、雷貝拉唑(4例)、潘托拉唑(4例)、奧美拉唑加潘托拉唑(1例)。
消化系統損害
PPIs對胃腸道的反應，部分患者表現為腹痛、腹脹、腹瀉、噁心、口乾、消化不良、便秘等不適症狀，一般不需停藥，症狀較輕者停藥後可自行緩解。
奧美拉唑可誘發胰腺炎，其作用機制尚不清楚。
蘭索拉唑可引起微觀結腸炎，患者結腸炎經乙狀結腸鏡檢查正常或輕微異常，通常經過病理檢查才可確診。患者反應的症狀多為一日數次、連續多日的嚴重水樣性腹瀉，接受替硝唑、甲硝唑、氟哌酸等藥物的抗腹瀉治療無效。但在停用蘭索拉唑後，不經抗腹瀉治療，腹瀉症狀在24小時至1個月內消失。有的患者再次使用蘭索拉唑後，結腸炎復發。
