醃製食品的危害主要有兩個：亞硝酸鹽含量過高，亞硝酸鹽不僅本身有毒性，還可能和蛋白質食品中的胺類物質合成致癌性較強的“亞硝胺”;鹽分或糖分過高，對慢性病不利。
與新鮮產品相比，醃製蔬菜水果的營養素有較大損失，營養價值偏低，鹽或糖的含量過高，從營養健康角度來說，還是直接吃鮮菜鮮果更好一些。
但對醃製的水產品來說，情況則稍有不同。因為我國水體汙染的情況並不罕見，水產品中很可能含有較多的亞硝酸鹽(醃製食品要產生亞硝酸鹽，除了受溫度鹽分時間的影響，原料中也得含有大量硝酸鹽才行。)。在乾製或醃製過程中，其中部分蛋白質發生會分解，產生胺類，與亞硝酸鹽結合成為致癌的亞硝胺。而且測定表明鹹魚、蝦皮、乾製海貨、魚片幹、魷魚絲之類都有亞硝胺汙染問題，受潮產品和味道不新鮮的產品則更需小心。
無異味的鹹鴨蛋、鹹肉、腐乳、果脯等不會產生大量亞硝胺等致癌物。
