工業生產的酵素，通過對菌種的選擇和生產條件的控制，可以儘可能的降低這些對人體無益甚至有害物質的產生。由於自制“水果酵素”採用自然發酵，在發酵過程中菌落的構成受起始條件影響很大。在自然界中，水果表面的微生物組成是十分多樣的。而除了發酵需要的酵母菌或乳酸菌外，還有其他包括致病菌在內的微生物在蠢蠢欲動。一旦在製作的過程中稍有不慎，使得發酵過程中雜菌“佔山為王”，那麼這樣生產出的“水果酵素”非但不能起到保健作用，還對健康造成威脅。
在雜菌汙染中最需要注意的是黴菌汙染。一些黴菌，包括多種青黴、麴黴在內的黴菌，可以產生稱作展青黴素的物質。展青黴素在動物實驗中表現出神經毒性、胚胎毒性和一定致癌性，並且會對動物免疫系統具有抑制作用。雖然對於人體的危害尚無明確結論，但暫定的每日最大攝入量為0.4微克/千克體重，換句話說，一名70公斤的成人每天不應攝入多於28微克展青黴素。然而對於被黴菌汙染的水果製品來說，其展青黴素含量可達每克1微克，按照“水果酵素”中水果、水3:10的比例計算，每天飲用100毫升就已經接近甚至超過暫定每日最大攝入量了。所以，要是看到自己做的“水果酵素”長起了毛，那還是趕快扔掉為好吧!
