專家指出，網上流傳的“水果酵素”的做法，其實就是將水果加上糖一起進行簡單發酵。在這個過程中，糖和水果中的糖分為密封罐裡的細菌提供了“養分”，將水果中的果膠及所含的有機物、維生素和碳水化合物進行分解，這個過程會產酸、產氣，甚至釋放出一些甲醇、乙醇，所以有酒精的味道。
如果製作過程中不夠衛生，黴菌同時大量繁殖，製出來的所謂的“水果酵素”本身就受到嚴重的汙染、含有“毒菌”，喝了對人體更加有害無益，又談何養生、“排毒”?
如果用糖醃製新鮮水果能產生所謂的“水果酵素”，那也是一些無法確定種類的酶。大多數酶是有催化生物活性的蛋白質，有的對人體有益，也有的可能產生不良作用。自制的“水果酵素”不可能“精確制導”，想要甚麼有益的酶就直接生產出來，由此產生出來的酶很可能是對身體有害的。如果長期服用出現不適，就更加得不償失了。
那麼，既然那些美好的願望達不到，自己做著玩，酸酸甜甜的喝著舒服總行了吧?雖說這是個人愛好，但是其中存在的風險還是要值得各位考量的。
首先，“環保酵素”製作時需要加入大量的糖，從網上信息看，糖、水果或蔬菜和水的比例從1:3:10~1:1:5不等。換句話說，“環保酵素”的含糖量在10%以上。如此多的糖在讓口味變的“好喝”的同時，無形中增加了糖的攝入量。
如果說多攝入糖可以依靠運動解決的話，下一個問題就值得警惕了。由於“環保酵素”採用自然發酵，那麼在發酵過程中菌落的構成受起始條件影響很大。在自然界中，水果或蔬菜表面的微生物組成是十分多樣的。而除了發酵需要的酵母菌或乳酸菌外，還有其他包括致病菌在內的微生物在蠢蠢欲動。
一旦在製作的過程中稍有不慎，使得發酵過程中雜菌“佔山為王”，那麼這樣生產出的“環保酵素”非但不能起到保健作用，還對健康造成威脅。
在雜菌汙染中最需要注意的是黴菌汙染。一些黴菌，包括多種青黴、麴黴在內的黴菌，可以產生稱作展青黴素(又稱作棒麴黴素)的物質。展青黴素在動物實驗中表現出神經毒性、胚胎毒性和一定致癌性，並且會對動物免疫系統具有抑制作用。雖然對於人體的危害尚無明確結論，但暫定的每日最大攝入量為0.4微克/千克體重，換句話說，一名70公斤的成人每天不應攝入多於28微克展青黴素。然而對於被黴菌汙染的水果或蔬菜製品(尤其是蘋果)來說，其展青黴素含量可達每克1微克，按照“環保酵素”中果、水3:10的比例計算，每天飲用100毫升就已經接近甚至超過暫定每日最大攝入量了。所以，要是看到自己做的“環保酵素”長起了毛，那還是趕快扔掉為好吧!
此外，即使是沒有黴變的“環保酵素”，其中也不乏對人體健康無益甚至有害的物質。亞硝酸鹽就是“環保酵素”發酵過程中產生一種不容小覷的有害物質。由於採用自然發酵，菌種不易控制，因此相較於接種發酵，會產生更多的亞硝酸鹽。在乳酸菌發酵過程中，亞硝酸鹽呈先上升再下降的變化趨勢，濃度峰值在1周左右時達到頂峰，隨後下降。而一週左右是網上一些“環保酵素”推薦的飲用時間。雖然隨著存放時間的延長，亞硝酸鹽含量會下降，但增加的發酵時間則會增加其他物質的產生。水果或蔬菜含有大量的果膠，而果膠經過微生物發酵作用的一大產物就是甲醇。在酵母發酵過程中，甲醇含量可以達到近20毫克每毫升，在酒味沒有那麼重的“環保酵素”中，甲醇含量也能達到每毫升數毫克的水平。而在乳酸發酵過程中還會有丁酸的產生--泡菜以及“環保酵素”中那種特殊的腥臭味，就來自於產生的丁酸。
在工業生產泡菜、醃菜過程中，通過對菌種的選擇和生產條件的控制，可以儘可能的降低這些對人體無益甚至有害物質的產生，而對於自制的“環保酵素”、以及泡菜、醃菜等，由於無法控制菌種和生產條件，因此不可避免的產生這些不受人們歡迎的物質。儘管這些物質的含量還不至於一頓就讓人得病的水平(雜菌汙染除外)，但為了追求不靠譜的“保健”效果而飲用“環保酵素”，從而增加實實在在的健康風險，這實在得不償失。在提倡少吃泡菜和醃菜的今天，反而追捧換湯不換藥的“環保酵素”，這無疑是一種諷刺。
