酸奶的製作工藝可概括為配料、預熱、均質、殺菌、冷卻、接種、(灌裝：用於凝固型酸奶)、發酵、冷卻、(攪拌：用於攪拌型酸奶)、包裝和後熟幾道工序，變性澱粉在配料階段添加，其應用效果的好壞與工藝的控制有密切關係：
配料：根據物料平衡表選取所需原料，如鮮奶、砂糖和穩定劑等。變性澱粉可以在配料時單獨添加也可與其他食品膠類幹混後再添加。考慮到澱粉和食品膠類大都為親水性極強的高分子物質，混合添加時最好與適量砂糖拌勻，在高速攪拌狀態下溶解於熱奶(55℃～65℃，具體溫度的選擇視變性澱粉的使用說明而定)，以提高其分散性。
預熱：預熱的目的在於提高下道工序——均質的效率，預熱溫度的選擇以不高於澱粉的糊化溫度為宜(避免澱粉糊化後在均質過程中顆粒結構被破壞)。
均質：均質是指對乳脂肪球進行機械處理，使他們呈較小的脂肪球均勻一致地分散在乳中。在均質階段物料受到剪切、碰撞和空穴三種效應的力。變性澱粉澱粉由於經過交聯變性耐機械剪切能力較強，可以保持完整的顆粒結構，有利於維持酸奶的粘度和體態。
殺菌：一般採用巴氏殺菌，乳品廠普遍採用95℃、300S的殺菌工藝，變性澱粉在此階段充分膨脹並糊化，形成黏度。
冷卻、接種和發酵：變性澱粉是一類高分子物質，與原澱粉相比仍然保留一部分原澱粉的性質，即多糖的性質。在酸奶的pH值環境下，澱粉不會被菌種利用降解，所以能夠維持體系的穩定。當發酵體系的pH值降至酪蛋白的等電點時，酪蛋白變性凝固，生成酪蛋白微膠粒與水相連的三維網狀體系骨架成凝乳狀，此時糊化了的澱粉可以充填骨架之中，束縛遊離水分，維護體系穩定性。
冷卻、攪拌和後熟：攪拌型酸奶冷卻的目的是快速抑制微生物的生長和酶的活性，主要是防止發酵過程產酸過度及攪拌時脫水。變性澱粉由於原料來源較多，變性程度不同，不同的變性澱粉應用於酸奶製作中的效果也不相同。因此可以根據對酸奶品質的不同需求提供相應的變性澱粉。
