酸奶除了營養豐富外，還含有乳酸菌，所以具有保健作用。這些作用是：
維護腸道菌群生態平衡，形成生物屏障，抑制有害菌對腸道的入侵。
通過產生大量的短鏈脂肪酸促進腸道蠕動及菌體大量生長改變滲透壓而防止便秘。
酸奶含有多種酶，促進消化吸收。
通過抑制腐生菌在腸道的生長，抑制了腐敗所產生的毒素，使肝臟和大腦免受這些毒素的危害，防止衰老。
通過抑制腐生菌和某些菌在腸道的生長。從而也抑制了這些菌所產生的致癌因子，達到防癌的目的。
提高人體免疫功能，乳酸菌可以產生一些增強免疫功能的物質，可以提高人體免疫，防止疾病。含有大量活性菌的酸奶可以幫助改善乳糖不耐、便秘、腹瀉、腸炎、幽門螺桿菌感染等病症。美國農業部的人類營養學研究中心正在塔夫斯大學進行老年研究工作，研究員吉恩邁爾表示，酸奶不僅可以改善腸道環境，還可以提高機體免疫力。無獨有偶，臺灣的一項研究也發現，酸奶能提高某些消炎藥的治療效果。
降低血壓：美國哈佛大學公共衛生學院流行病學研究員艾爾瓦羅·阿良索博士介紹說，研究發現，在那些每天飲2～3份或更多酸奶的人中，高血壓的發病危險比那些不喝的人降低了50%。
當下市場上一些生產者把"含乳飲料"打著"酸牛奶"的旗號銷售，故意混淆這兩種原本不同的產品概念。一些含乳飲料廠家開始在產品名稱上大打"擦邊球"，在產品包裝上用大號字標出"酸奶"、"酸牛奶"、"優酸乳"等含義模糊的產品名稱，只有細看才能發現旁邊還另有幾個關鍵的小字——"乳飲料"、"飲料"、"飲品"。
據瞭解，"酸牛奶"和"含乳飲料"是兩個不同的概念。在配料上"酸牛奶"是用純牛奶發酵製成的，屬純牛奶範疇，其蛋白質含量≥2.9%，其中調味酸牛奶蛋白質含量≥2.3%。而含乳飲料只含1/3鮮牛奶，配以水、甜味劑、果味劑。所以，蛋白質含量一般不低於1%，其營養價值和酸奶不可同日而語，根本不能用來代替牛奶或酸奶。
含乳飲料又可分為配製型和發酵型，配製型成品中蛋白質含量不低於1.0%稱為乳飲料，另一種發酵型成品中其蛋白質含量不低於0.7%稱為乳酸菌飲料，都有別於真正的酸奶或牛奶。根據包裝標籤上蛋白質含量一項可以把它們與酸奶或牛奶區別開來。
