1、作為局部瀉藥。在灌腸後病人隨液體排出糞便，可用來治療便秘和糞便嵌塞(fecal impaction)。今天在很大程度上被口服、栓劑形式的瀉藥代替。瀉藥灌腸一般使用水(機械作用)、磷酸鈉溶液(因從血液裡吸水到直腸，比水更有效)或者礦物油(潤滑、軟化糞便作用)。 過去還有人使用肥皂水，但因容易導致結腸炎不再流行。
2、手術、檢查(如結腸鏡)之前用來清理腸道，一般用磷酸鈉。
3、通過腸道向血管內給藥。例如在病人嚴重噁心，口服止嘔藥困難的情況下。也可用來補充體液。通過肛門局部給藥。例如用可的松類藥物灌腸治療炎症性腸病(inflammatory bowel disease)，以減少對身體其他部分的副作用。有時全身麻醉也可通過灌腸給藥。
4、腸道造影之前用硫酸鋇等顯影劑灌腸。直到20世紀，有些地方(例如美國)灌腸是很常見的程序，被用來治療發燒。另外產婦臨盆之前用其引發分娩並防止分娩過程中的糞便感染，不過現在因為優點不明顯而且不舒服已不常用。
