一般情況下,每天服不超過3克的情況下,對大多數人(包括孕婦和哺乳期婦女)來說都是安全的,不會出現任何深海魚油的副作用。服用深海魚油劑量過高,會導致血液不易凝結,增加出血的風險。可能會出現的深海魚油的副作用有:噯氣,口臭,胃灼熱,噁心,稀便,皮疹和流鼻血。隨餐服用深海魚油補充劑,往往可以減少這些副作用的產生。某些魚類,特別是鯊魚、鯖魚和養殖鮭魚,可能會受到汞和其他化學品的汙染。因此,選擇魚油類補充劑時,要選擇純度高,提取自深海無汙染魚類的魚油產品。
有心血管疾病家族史或高危因素(高血壓、血脂異常、高血糖、肥胖、少運動、長期過量吸菸飲酒等)者,應當注意加強體育鍛煉,糾正高危因素,同時改變飲食結構,並適當補充深海魚油製劑。選擇正規廠家生產的深海魚油產品,長期服用並不會有副作用。