人體四種瘧疾在臨床表現，病程經過，對藥物反應等方面有許多共同性，又各有一定的特殊性，因此，在診斷上應明確患者的瘧疾種類。
1.臨床診斷要點
①多數病例在發熱前有時間長短不一的寒戰或畏寒。
②體溫在短時間內迅速上升，持續數小時，然後很快下降，繼而有不同程度的出汗，每隔2～4h測量體溫1次，分析體溫曲線，則可發現夜間的體溫往往降至正常或在常溫以下。
③發作有定時性，發熱期與無熱期交疊出現，且有一定的規律性。
④病人在發作間歇期除疲勞，無力和略感不適外，一般感覺良好。
⑤發病多見於中午前後和下午，夜間開始發作者較少。
⑥臨床症狀一次比一次嚴重，經多次發作後，又漸次減輕，有“自愈”的趨勢。
⑦有溶血性貧血的臨床表現，其程度與發作次數相符。
⑧脾大，其程度與病程相關，部分病例同時見肝大。
嬰幼兒，惡性瘧以及新感染病例發作的起初一，二次，臨床症狀常不典型，此外，一些有較高免疫力的病人，血中帶有大量原蟲，臨床症狀卻不明顯或完全沒有，尤須參照體檢和實驗室檢查方能確定診斷。
2.實驗室診斷
(1)血中病原體檢查：人體四種瘧原蟲只有惡性瘧一種在周圍血內僅見環狀體和配子體，且在發作期檢出機會較多，發作間歇期多數原蟲進入內臟毛細血 管，如當時配子體尚未出現，則血檢可能暫呈陰性，因此惡性瘧在發作期間查血最為適宜;其餘三種瘧疾的血檢不受時間限制，無論在發作期及間歇期均可見到原 蟲，臨床上酷似瘧疾，血檢原蟲陰性者，應堅持一天查血2次，連續幾天，細緻地按規定檢查厚血膜，其功率高於薄血膜很多倍，凡是瘧疾，最終定能在周圍血中查 到瘧原蟲，從患者耳垂或指尖刺取血液塗片，染色，鏡檢，迄今仍是最可靠的確診瘧疾方法，如發現紅內期瘧原蟲即可確診。
鑑於鏡檢法的準確性受到血中原蟲密度，製片和染色技術，服藥後原蟲變形或密度下降以及鏡檢經驗等因素的影響，近年來對傳統的血檢法有了一些改進，其 一為Becton Dickinson公司QBC法(quantitative buffy coat)，用含有抗凝劑和吖啶橙的毛細管，取病人60µl血，加一個浮器，離心後，瘧原蟲濃集在紅細胞上層和白細胞下層，由於管中央有浮器存在，把上述 兩層細胞和瘧原蟲推向管壁，可以直接在熒光顯微鏡下檢查發熒光的瘧原蟲，此法有濃縮作用，可提高敏感度，不需要染色，節省了時間，其二是 0.5%～1.0%皂素溶液代替普通水溶血，然後以吉氏液染色後鏡檢，優點是以皂素處理過的厚血膜底板清晰，無紅細胞殘骸和血小板干擾，有助於瘧原蟲檢 出。
(2)免疫學檢測：
①檢測瘧原蟲抗原;可查出原蟲血癥者，故對臨床診斷為現症病人以及從人群中查傳染源，考核療效均可使用，主要方法有瓊脂糖擴散試驗，對流免疫電泳，酶聯免疫吸附試驗，直接熒光或酶免疫染色法等。
②檢測瘧原蟲抗體：可用於流行病學調查，追溯傳染源;藉助測定流行區人群抗體水平的高低，來推斷瘧疾的流行趨勢;過篩供血者以預防瘧疾輸血感染，以 及考核抗瘧措施的效果等，此外對多次發作又未查明原因者，檢測瘧疾抗體有助於診斷，檢測抗體的方法較常用的有間接熒光抗體試驗，間接血凝試驗，酶聯免疫吸 附試驗等。
(3)核酸探針檢測：目前國內外已有幾種不同的核酸探針用於瘧原蟲的檢測，由於其獨特的高特異性，敏感性可高於鏡檢，認為核酸探針技術非常有希望替 代常規的顯微鏡檢查，且可在短時間內批理處理大量樣本，已被認為可以定量及估算瘧原蟲血癥水平，是瘧疾流行病學調查及評價抗瘧措施效果很有潛力的診斷工 具，目前大量生產核酸探針和大規模現場使用尚存在一些技術問題須解決。
(4)PCR檢測：目前公認，在各種瘧疾檢測方法中，PCR方法的敏感性和特異性是最高的，為進一步提高PCR技術的敏感性和特異性，以及便於在實 際工作中推廣，在此基礎上，又進行了巢式PCR(nested PCR)，PCR-ELISA等方法的研究，除能夠直接檢測抗凝血樣中的瘧原蟲外，PCR檢測濾紙幹血滴上的瘧原蟲技術也已成熟，從而便於以PCR技術監 測邊遠地區的瘧疾，由於它對實驗技術和條件的要求較高，從而限制了其在現場的應用，就目前多數瘧區的條件，現場採血後，尚要回到具有較好條件的實驗室做進 一步的分析處理。
(5)Dipstick方法：目前，世界衛生組織推薦應用Dipstick方法，其原理是利用惡性瘧原蟲能夠合成，分泌一種穩定的水溶性抗原-富組 蛋白Ⅱ(histidine rich proteinⅡ，HRPⅡ)，以其製備的單克隆抗體滴於免疫層析條上，經過吸附，洗滌與顯色，檢測血中富組蛋白Ⅱ的存在，據國外比較Dip-stick 及其他幾種方法的報道，Dipstick方法診斷瘧疾的敏感性(84.2%～93.9%)和特異性(81.1%～99.5%)均較高;且具有操作簡便，快 速穩定，易學的特點，適用於鏡檢或實驗室技術質量難以保證，及待確定瘧疾的流行範圍，瘧疾呈低度傳播，需避免藥物濫用以減少抗性發展的地區，必須指出的 是，應用Dipstick方法也有一定的侷限性，用此法難以檢出尚處於潛伏期或血中僅含有成熟配子體的惡性瘧原蟲。
鑑別診斷
臨床表現典型的瘧疾，診斷不難，對於佔1/3以上的所謂非典型病例，須與以發熱，脾大和肝大為特點的其他疾病相鑑別，以免貽誤治療，擴散瘧疾，或忽視了與瘧疾並存的其他疾病。
1.急性血吸蟲病 有血吸蟲病流行區的疫水接觸史和尾蚴皮炎史，常見腹瀉和黏血便等消化系統症狀和乾咳等，與瘧疾不同的是肝大者佔的90%以上，以左葉較顯著，白細胞數增加，嗜酸粒細胞增多，尾蚴膜反應，環卵沉澱試驗或大便孵化陽性。
2.絲蟲病 多數有既往發作史，白細胞和嗜酸粒細胞增多，無貧血和脾大，血微比蚴多為陽性。
3.黑熱病 有黑熱病流行區居住史，發熱一般不規則，後期可發展為全血細胞減少，有鼻出血或齒齦出血等症，肝脾大，骨髓穿刺可查到利杜體。
4.阿米巴肝膿腫 肝臟明顯腫大和疼痛，無脾大，熱型不規則，白細胞顯著增多，以中性粒細胞為主，超聲波及X線檢查可發現膿腫。
5.傷寒 發熱呈稽留熱，有玫瑰疹，腹脹等胃腸道症狀和其他全身中毒症狀等，血，骨髓，大便等細菌培養和傷寒血清凝集反應陽性。
6.敗血症 體溫不規則，白細胞及中性粒細胞顯著增多，一般可發現感染原因，血或骨髓細菌培養陽性。
7.布氏桿菌病 發熱呈週期性，一般症狀不重，以後可見一系列神經症狀，可進行皮內和血清學試驗。
8.鉤端螺旋體病 體溫多呈持續熱或弛張熱，有上眼結膜充血，腓腸肌痛，淋巴結腫痛，皮膚黏膜出血，肝功能損害和肺部症狀等，可進行血清免疫學試驗和檢查鉤端螺旋體確診，青黴素有效。
9.急性腎盂腎炎 發熱不規則，有腰痠，尿頻，尿急及尿痛等，尿檢查見紅，白細胞及蛋白，細菌培養陽性。
10.腦型瘧疾 本病發生易與流行性乙型腦炎，中毒性痢疾，中暑相混淆，通常要仔細反覆查找瘧原蟲，毒痢還應做糞常規，培養，一時弄不清可先用抗瘧藥治療以等待結果。
11.其它如粟粒性結核，膽道感染引起的長熱程發熱也要注意鑑別。
