(一)治療用藥建議：
早期的診斷及正確的治療，是決定瘧疾預後最重要關鍵，由於臺灣根除瘧疾已經四十年，近年來境外移入的病例每年約只有30例，臨床醫師若經驗不足，常常不能在第一時間診斷出來;另外因為瘧疾病況變化迅速，重症瘧疾(severe/complicatedmalaria)開始常以非特異性症狀來表現，如果不能及早發現給予適當的治療，常會導致各器官嚴重併發症甚至死亡。
另外治療上最棘手的問題是抗藥性的問題，以惡性瘧來說，傳統的藥物如chloroquine目前可以說在世界上大部分的流行區都已產生抗藥性，甚至在泰國，緬甸，柬埔寨等國的邊界還出現對chloroquine，mefloquine，quinine都有抗藥性的多重抗藥性瘧疾(multiple-resistantmalaria)，是治療上的一大挑戰。
90年代以來，越來越被廣泛使用的青蒿素類(artemisinin)的藥物，被視為是可能解決此一難題的利器。它的安全性高，作用速度快，而且對於不同階段的瘧原蟲都有作用[31]，目前WHO的建議是使用這類的藥，再搭配另一個不同作用機制的藥物(如artesunate+mefloquine;artemether+lumefantrine)，以避免抗藥性的產生;根據WHO的統計，到2006年1月為止，青蒿素為主的合併療法(artemisinin-basedcombinationtherapiesorACTs)已經有56個國家採用為治療瘧疾的第一線用藥。
當前治療瘧疾的難題在於一方面必須注意瘧原蟲的
瘧疾的病原體為瘧原蟲。可感染人類的瘧原蟲共有4種，即間日瘧原蟲(Plasmodium vivax)、卵形瘧原蟲(P.ovale)、三日瘧原蟲(P.malariae)和惡性瘧原蟲(P. falciparum)。
一、間日瘧和卵圓瘧
發作開始為突然寒戰發抖，隨即反覆發熱，出汗。為期一週形成間歇性發作的典型模式。頭痛或短期不適後，隨即寒戰發抖，發熱持續1～8小時。熱退後，病人感到舒適，直到下次寒戰前。間日瘧新發作趨向於每48小時發一次。
二、惡性瘧
發作開始為寒戰，體溫逐漸上升，然後突然下降。發作可持續20～36小時。病人感到比間日瘧重和嚴重頭痛。發作間期為36～72小時，此期常感難受和低熱。
三、三日瘧
常為突然發作。發作類似間日瘧，但為每72小時發一次。
瘧疾為單細胞病原體，瘧原蟲感染紅細胞所致。
瘧疾的傳播為受染雌性按蚊叮咬，輸入含瘧原蟲血，或用注射過瘧疾病人的針注射所致。瘧原蟲有4種——間日瘧原蟲，卵圓瘧原蟲，惡性瘧原蟲和三日瘧原蟲——能感染人而致瘧疾。
在美國和大多數發達國家，由於使用抗瘧藥和殺蟲劑已使瘧疾罕見，而在熱帶，瘧疾仍常見。有時，從熱帶來的訪問者或從那裡回來的旅遊者帶來瘧疾，可致小暴發。
瘧原蟲的生活史。當雌性蚊叮咬瘧疾病人，攝取含瘧原蟲血，原蟲移至蚊唾液腺，該蚊叮咬他人，原蟲沿唾液注入。在人體內，原蟲移至肝臟並繁殖，平均2～4周才成熟，然後離肝侵入紅細胞，最後致受染的紅細胞破裂。
溫馨提示：間日瘧原蟲和卵圓瘧原蟲可存於肝細胞內，而週期性釋放成熟的原蟲入血流，致瘧疾症狀發作。惡性瘧原蟲和三日瘧原蟲不存留於肝內。若其感染不治或治療不當，成熟的惡性瘧原蟲可在血中存數月，成熟的三日瘧原蟲可存留血中數年，而致瘧疾症狀反覆發作。
抗藥性，另一方面也必須注意抗瘧疾藥物的毒性。困難在於，目前瘧原蟲的抗藥性系以臨床治療失敗作為定義，無法在治療之前先作藥物感受性試驗;而且，重症瘧疾症狀與奎寧，primaquine等抗瘧疾藥物的毒性狠相似，都會造成噁心，嘔吐，溶血性貧血，低血糖，肺水腫及休克，難以從症狀來分辨。
因應上述難題，臨床醫師應考慮瘧原蟲種別(惡性瘧，間日瘧，卵形瘧，三日瘧)，患者感染瘧疾的地理區域(非洲，東南亞，新幾內亞，或其他地區)，考量患者體質(年齡，心血管疾病，G6PD缺乏症)來選用適當的治療的藥物。
