性病淋巴肉芽腫並非一開始就出現這些嚴重的病變，在臨床上，按疾病的發展過程可分為早期(感染、原發損害和皮膚損害)、二期(淋巴管播散、伴發全身症狀)和三期(晚期)。
早期病變
病變為腹股溝淋巴結和生殖器、肛門直腸階段。潛伏期1—4周或更長。 (1)原發損害 男性患者約1/3—1/2有原發損害，多不引起注意。原發損害表現 為生殖器上有單個小丘疹或小水皰，隨後糜爛，並可形成潰瘍。損害邊緣整齊 ，圍有紅暈，不痛、不癢。男性多發生在冠狀溝、包皮、陰莖、龜頭、尿道內 。有口交行為的亦可發生於頰黏膜。女性發生於陰唇繫帶、小陰唇、陰道或尿道周圍。原發損害一般無疼痛，持續1—3周而消退，不殘留瘢痕。 (2)淋巴結病 感染後3—6周，原發損害發生後1—3周，出現局部淋巴結腫大。 主要累及腹股溝淋巴結，約2/3的病例為單側性，另1/3為雙側性。結節呈浸潤性、硬，表面皮膚紅或紫紅色，並有皺褶，沿腹股溝呈臘腸樣排列。隨著疾病的進展，累及腹股溝韌帶兩側淋巴結呈“溝槽”狀腫大，稱為“溝槽徵”。約 2/3的結節可破潰，形成多發性瘻管，外觀頗似“噴壺”狀，有淡黃色漿液性 或血性膿液溢出。約1/4的結節不破潰，於8—12周內可自然吸收，少數結節成 為持久性硬化性團塊。男性患者亦可累及股淋巴結和髂淋巴結，女性尚可累及髂和直腸周圍淋巴結。陰蒂和陰唇病變可與腹股溝淋巴結交通。有變態性行為 者可累及其他部位淋巴結，如與感染者有口腔生殖器性行為，可發生頜淋巴結腫大，頗易考慮為淋巴瘤或何杰金氏病。 (3)直腸炎 同性戀者或性慾倒錯者可表現為出血性直腸炎(膿性分泌物和填腸} 出血)。直接檢查可見直腸黏膜發炎、充血、侷限性剝脫或肉芽組織，可導致 直腸周圍膿腫、直腸陰道瘻和直腸狹窄。
二期病變
本病為全身性疾病，在淋巴結病變發生的同時可有全身症狀如發熱、盜汗、周身不適、體重減輕、頭痛、遊走性關節痛、多關節炎、肌痛、肝和脾腫大、假性腦膜炎和結膜炎等。皮膚表現有多形紅斑、結節性紅斑、猩紅熱樣皮疹、丘疹膿皰性損害和光過敏等。 患病女性和男性同性戀患者可發生生殖器肛門直腸綜合徵。此綜合徵的早期系 直接接種或直腸周圍淋巴結炎破潰所致，肛門和直腸黏膜水腫、出血和脫落， 並因之而有腹瀉、裡急後重、腹痛和交替性便秘。晚期肛門環附近發生管樣或 環狀直腸狹窄，亦可發生直腸陰道和(或)肛門瘻，以及直腸周圍膿腫。陰莖 、陰囊和女陰可發生橡皮病樣腫脹和潰瘍。口腔生殖器性交者可發生潰瘍性舌 炎和淋巴結病。晚期也有癌變者。
三期(晚期)病變
主要表現為全身衰弱和局部毀形，多因直腸狹窄和淋巴循 環障礙所致。男性有時發生尿道瘻和生殖器水腫。女性可發生陰唇潰瘍，其周 圍水腫和纖維性硬化，稱為女陰蝕瘡，也稱陰部肛門直腸症候群。女性之所以 多發，是因為女性盆腔的淋巴系統解剖學特點所決定。女陰蝕瘡共分兩種病型 ，在女性病例中，此兩種病型多混合發生。 (1)外陰部症候群 本症由於長期淋巴迴流障礙及潰瘍形成，促使外陰部的皮膚 黏膜肥厚、硬化，有如橡皮病樣，大小陰唇呈橡皮樣腫張。並有多數大小不等 的息肉及腫瘤狀增生。此外在陰道口、陰道壁及宮頸部也有同樣病變，甚至尿 道外口發生狹窄。如果在深部發生膿腫，可使尿道、陰道及直腸間形成瘻孔。 此型在男性極為罕見，但能出現陰囊及陰莖橡皮病。 (2)肛門直腸症候群 初發病灶為肛門直腸黏膜淺在性潰瘍。病變在肛門部如痔 瘡狀隆起或瘻孔。直腸部可出現邊緣隆起的潰瘍及硬化，臨床可見有膿血便及 腹瀉。感染1—2年後可出現直腸狹窄。女性直腸狹窄比男性多見。直腸下部淋 巴循環障礙可導致肛周淋巴管擴張而且易誤診為痔。狹窄可發生在直腸口上方 ，形成環狀帶，或在直腸下部形成數釐米管狀縮窄並伴有腸壁明顯肥厚和纖維化。 二期、三期病程極慢，常多年不愈。
