傳統制法將蒸熟的黃豆用稻草包裹起來，稻草浸泡在100度的沸水中以殺菌消毒，並保持在攝氏40度放置一日，稻草上常見的枯草桿菌(納豆菌)因可產生芽孢而耐熱度高，殺菌過程不受破壞，高溫培養速度快也能抑制其他菌種，並使黃豆發酵後產生黏稠的絲狀物，這種黏稠外觀主要來自成分中的穀氨酸，被認為是納豆美味的來源。二十世紀後期高品質稻草取得不易，多已改用保麗龍或紙製容器盛裝販售。因此現代的製作方式，是利用蒸過的黃豆加上人工培養出的納豆菌混合後，直接放在容器中使之發酵，黃豆以外之某些食品亦能製成納豆。
現代在工廠製作的納豆而製作清酒時，原料的米中若不慎受納豆菌沾染，以其快速的繁殖速度，將抑制釀酒所需的酵母菌。釀清酒處所不可出現納豆，其他發酵食品可能也有類似情況，製程需多加留意。納豆菌屬於弱酸性，會阻礙乳酸菌製造的乳酸。在技術上已經開發出氣味較弱的納豆，但由於使用了活發性較低的納豆菌種，容易造成其他細菌的增殖空間。此外，納豆菌的天敵是會寄生在細菌上的噬菌體病毒，在噬菌體開始作用後會降低納豆菌的活動力，並可能造成其他細菌開始繁殖，因此應避免食用超過保存期限的納豆。
