與所有的東方香料一樣，胡椒有著悠長的用作香料和藥物的歷史。味道更濃的蓽撥通常是首選的藥物，不過蓽撥和黑胡椒都被作為藥物使用。
黑胡椒子在印度是草藥、悉達和尤那尼醫學中的一種藥物。5世紀的《敘利亞醫學之書》指出胡椒(可能實際指的是蓽撥)可治療便秘、腹瀉、耳痛、壞疽、心臟病、疝氣、聲嘶、消化不良、昆蟲叮咬、失眠、關節痛、肝病、肺病、口腔膿腫、曬傷、齲齒與牙痛。在中醫學中，黑胡椒可治療寒痰、食積、脘腹冷痛、反胃、嘔吐清水、洩瀉、冷痢，亦可用於食物中毒解毒。5世紀後的許多著作也建議用胡椒來治療眼疾，一般是將胡椒製成的軟膏直接塗敷在眼睛上。在現代醫學中，沒有證據可以表明以上的這些治療方法是有效的;將胡椒直接塗在眼睛上是很不舒服的，同時還有可能對眼睛造成損傷。
胡椒在很長一段時期中都被認為會讓人打噴嚏;現今也是這麼認為的。一些人認為胡椒鹼會刺激鼻孔，從而讓人打噴嚏;另一些人則認為是胡椒粉的作用，還有一些人覺得胡椒並不是十分有效的噴嚏製造劑。但是，幾乎沒有人曾進行過控制環境下的實驗來解答這個問題。
由於胡椒會刺激腸道，進行了腹部手術或有腹部潰瘍的病人的食譜中不能出現胡椒，一般會使用較溫和的食品替代之。
