1.基因技術利用抗菌素抗性基因給轉基因作物貼上標籤，基因食品進入人體後可能會影響抗生素的藥效，作物中的變異基因可能引起新的疾病；
2.基因技術中的蛋白質轉移可能導致人類對原來不過敏的食物過敏，分割重組後的新蛋白質性狀是否與我們的完全一致 基因的人工提煉和添加有可能增加和積累食物中原來存在的微量毒素，不可預見的生物變異。基因的修飾和添加有可能增加和積累食物中的微量毒素，不可預見的生物突變，甚至增加原有毒素的含量或產生新的毒素；
4.
首先，進入環境的轉基因生物、細菌和病毒不可能被拯救或恢復。
首先，是毒性問題。一些研究人員認為，人工提煉和添加基因可能會增加和積累食物中已有的微量毒素，同時達到一些預期效果。
其次，還有過敏反應的問題。對某種食物過敏的人有時也會對以前不過敏的食物產生過敏。例如，如果科學家在核桃、小麥和貝類的基因中加入一段玉米，並隨基因加入蛋白質，那麼以前對玉米過敏的人可能會對這些核桃、小麥和貝類過敏。
第三個問題是營養。科學家們認為，外來基因會破壞食物中的營養成分，而這種破壞方式目前還不太清楚。
第四個問題是對抗生素的抗性。當科學家在植物或細菌中加入外來基因時，該基因會與其他基因相聯繫。當人們服用這種經過改造的食物時，食物會將體內的抗性基因傳遞給致病細菌，使人體對藥物產生抗性。
第五是對環境的威脅。許多轉基因品種含有源自桿菌的細菌基因，這些桿菌產生一種對昆蟲和害蟲有毒的蛋白質。在一項實驗室研究中，一種蝴蝶的幼蟲在吃了含有桿菌基因的馬拉色澤屬植物的花粉後產生了死亡或異常發育，這引起了生態學家的另一個擔憂，即其他在改良範圍之外的物種可能成為改良品種的受害者。
最後，生物學家擔心對作物進行改良以發展更優越的性狀，如更強的抗病蟲害和抗乾旱能力，很可能通過花粉等媒介傳播給野生物種。
