1歲以上的繼發孔型房間隔缺損罕有自發性閉合者，對於無症狀的患兒，如缺損小於5mm可以觀察，如有右心房、右心室增大一般主張在學齡前進行手術修補。約有5%嬰兒於出生後1年內併發充血性心力衰竭。內科治療效果不佳者也可施行手術。
成年人如缺損小於5mm、無右心房室增大者可臨床觀察，不做手術。成年病例如存在右心房室增大可手術治療，合併有心房纖顫者也可同時手術，但肺血管阻力大於12單位、出現右向左分流和發紺者則禁忌手術。有一部分繼發孔房間隔缺損如位置合適，可行微創的經心導管介入治療。經股靜脈插管，將鎳鈦合金的封堵器夾在房間隔缺損處，閉合房間隔缺損達到治療目的。不用開胸手術。
繼發孔房間隔缺損常經胸骨正中入路於體外循環下直視修補，右前外側切口也可提供良好的手術顯露，但需排除合併有其他類型心臟畸形。小的繼發孔型房間隔缺損可直接縫合，如缺損大則需用心包片或滌綸補片修補，完成修補前左心房注水以防止心臟復跳後出現空氣栓塞十分重要。
靜脈竇型房間隔缺損修補較為複雜，一般經上腔靜脈直接插入引流管以增加缺損顯露，修補中必須辨別右上肺靜脈開口並避開竇房結，將補片縫於右肺靜脈入口前沿的右房壁上，以保證肺靜脈引流入左心房，如有必要則需補片加寬上腔靜脈入口，防止靜脈迴流受阻。
年齡大的房間隔缺損病例術後竇性心動過緩發生率較高，可用異丙腎上腺素或阿托品增快心率，術中安置臨時起搏電極為有效措施。
