(1)感染性腹瀉：首先應當鑑別是感染性腹瀉還是非感染性腹瀉，這可以通過臨床症狀是否發熱，糞便常規塗片檢查有無紅、白細胞，以及鏡下是否發現原蟲、蟲卵等進行初步篩選。若是感染性腹瀉，應根據流行病學史，是否疫區，有否典型症狀和體徵，進一步作病原學檢查，進行細菌培養、病毒分離以及血清學試驗查特異性抗原或抗體等進一步確診。
(2)病變的部位： 對於非感染腹瀉則應進一步作大便潛血，糞便還原物質試驗，糞便的酸鹼度(pH值)以及右旋木糖(D-xylose)排洩試驗等，以期初步篩查病變的部位，以及是否雙糖酶缺乏，是否糖類吸收不良，是否小腸吸收功能不良(口服木糖後尿中排出量少，為小腸吸收功能不良)。糞便中脂肪蘇丹染色，陽性為脂肪瀉等，進行初步篩選;必要時進行內鏡檢查，或病理組織學檢查，以利於確定診斷;對於某些特殊的消化系統疾病可選擇某些消化功能特殊試驗，胃腸動力學檢查，影像學檢查，小腸、結腸活體組織檢查等。
(3)腸外疾病：疑及腸外疾病及全身疾病造成的腹瀉時，可做一些腸道外疾病的特殊檢查，如免疫功能檢查，各種導管造影等。
