豆製品在發酵過程中，會產生甲胺、腐胺、色胺等胺類物質以及硫化氫，它們具有一股特殊的臭味和很強的揮發性，多吃對健康並無益處。此外，胺類存放時間長了，還可能與亞硝酸鹽作用，生成強致癌物亞硝胺。臭豆腐雖小，但製作流程卻比較複雜，必須經過油炸、加滷和發酵等幾道程序。
在整個製作過程中，要求一直在自然條件下進行，而且對溫度和溼度的要求非常高，一旦控制不好，很容易受到其它細菌的汙染，輕者會引起人體胃腸道疾病，重者還會導致肉毒桿菌大量繁殖，產生一種有毒物質——肉毒毒素。這是一種嗜神經毒素，毒力極強，近年來曾報道過的臭豆腐中毒事件，就是由這種毒素引起的。
正是由於臭豆腐的製作流程複雜，據媒體報道，有些人想出了一些“簡單”的方法，用化學手段做出臭豆腐。如用硫酸亞鐵將豆腐染成黑色，再加上其它的臭味物質，即可成為臭豆腐。而在我國的《食品衛生法》中，是嚴格禁止使用化工原料硫酸亞鐵作為著色用的食品添加劑的。其實，臭豆腐也不是一無是處，它在製作過程中，能合成大量維生素B12。人體缺乏維生素B12，會加速大腦老化，容易引起老年性痴呆。不過，維生素B12在肉、蛋、奶、魚、蝦等很多動物性食物中都存在，與這些優點比起來，臭豆腐的缺點更應該引起人們的注意。
