1、化學的手法導致致癌：如用硫酸亞鐵可產生黑色，再加上其他的臭味物質，即可成為臭豆腐。這是相當危險的，過多的鐵對人體的肝臟非常不利，而且其臭味物質可能是蛋白質的腐敗而成，所以說它有致癌是可能的。
2、腐爛導致致癌：臭豆腐之所以臭，不可否認其臭味會有蛋白質的腐敗物-胺類，它可與亞硝酸鹽作用生成亞硝胺，相信大家都知道亞硝胺是強致癌物;建議在吃臭豆腐時，最好多吃新鮮的蔬菜和水果，因為新鮮的蔬菜和水果富含維生素，特別是富含維生素C，可阻斷亞硝胺的生成。
3、毒菌破壞神經系統：臭豆腐在發酵過程中，會揮發大量鹽基氮，有一種叫“肉毒梭菌”的毒菌，常會隨臭豆腐的製作而繁衍其中，而肉毒桿菌是一種致命病菌，在繁殖過程中分泌毒素，是毒性最強的蛋白質之一。人們食入和吸收這種毒素後，神經系統將遭到破壞，出現頭暈、呼吸困難和肌肉乏力等症狀。
4、引發人體胃腸道疾病：臭豆腐的發酵工序是在自然條件下進行的，易被微生物汙染。另外，臭豆腐發酵前期是用毛黴菌種，發酵後期易受其他細菌汙染，其中還有致病菌。因此，臭豆腐一次不要吃得太多，以免引起胃腸道疾病。
