臭豆腐“聞著臭”是因為豆腐在發酵淹制和後發酵的過程中,其中所含蛋白質在蛋白酶的作用下分解，所含的硫氨基酸也充分水解,產生一種叫硫化氫(H2S)的化合物,這種化合物具有刺鼻的臭味。 在蛋白質分解後,即產生氨基酸,而氨基酸又具有鮮美的滋味,故“吃著香”。
臭豆腐聞起來臭、吃起來香，有些人對它敬而遠之，有些人則將吃它當成了一種嗜好。其實，臭豆腐屬於發酵豆製品，製作過程中不僅會產生一定的腐敗物質，還容易受到細菌汙染，從健康角度考慮，還是少吃為好。
臭豆腐雖小，但製作流程卻比較複雜，必須經過油炸、加滷和發酵等幾道程序。在整個製作過程中，要求一直在自然條件下進行，而且對溫度和溼度的要求非常高，一旦控制不好，很容易受到有害細菌的汙染，輕者會引發人體胃腸道疾病，重者還會導致肉毒桿菌大量繁殖，產生一種有毒物質———肉毒毒素。這是一種嗜神經毒素，毒力極強，近年來曾報道過的臭豆腐中毒事件，就是由這種毒素引起的的。
