1.與膽絞痛相鑑別的疾病
(1)膽道蛔蟲症：單純的膽道蛔蟲症多見於青少年，常表現為突然發作的劍突下絞痛或呈鑽頂樣痛，少數患者採取膝胸臥位時疼痛可有所減輕，疼痛常陣發性發作，緩解期與常人一樣可毫無症狀，多數患者伴有嘔吐，甚至有嘔吐出膽汁者，也有嘔吐出蛔蟲者，疼痛發作期症狀雖很重，但腹部常缺乏體徵，這是膽道蛔蟲症的特點，如行B超檢查，有時在膽管內可發現蟲體影像，一般而言，根據疼痛特點及B超檢查，本病的確診率可達90%以上。
(2)急性胰腺炎：疼痛常在暴飲暴食後誘發，疼痛多呈持續性上腹部劇痛，有時呈刀割樣痛，常向左腰部放射，呈束帶狀牽引痛，患者血，尿澱粉酶常明顯升高;B型超聲波檢查可見胰腺呈瀰漫性或侷限性腫大;CT或MRI檢查也可發現胰腺腫大等對診斷均有重要價值，如患者出現休克，腹腔穿刺抽出血性腹水，其中澱粉酶含量顯著升高時，則可診斷為急性出血壞死性胰腺炎，必須指出，有時膽總管結石可誘發急性胰腺炎(稱膽源性胰腺炎)，此時兩者的症狀可發生混淆，故應加以警惕。
(3)消化性潰瘍穿孔：上腹部劇痛並迅速遍及全腹，體檢發現腹肌板樣強直，全腹有壓痛與反跳痛，肝濁音界縮小或消失，X線透視或平片可發現膈下游離氣體，結合既往有潰瘍病史等診斷不難確定。
(4)心絞痛或急性心肌梗死：少數心絞痛或急性心肌梗死患者可表現為上腹劍突下劇痛，且疼痛可向左上腹和右上腹放射，嚴重時常有煩躁不安，出冷汗，有恐懼感或瀕死感，心電圖檢查可發現深而寬的Q波，ST段抬高及T波倒置等改變，血清肌酸磷酸激酶(CPK)，穀草轉氨酶(AST)，乳酸脫氫酶(LDH)及肌鈣蛋白，肌紅蛋白升高等對診斷極有幫助。
(5)其他疾病：膽石症還需與急性腸梗阻，急性腸扭轉，腸穿孔，急性闌尾炎併發穿孔，腸繫膜血管栓塞或血栓形成，女性宮外孕及卵巢囊腫蒂扭轉等疼痛性疾病相鑑別。
2.與黃疸相鑑別的疾病
(1)急性病毒性肝炎：多有食慾減退，乏力及低熱等前驅症狀，黃疸出現快，逐漸加深，1～2周達到高峰，多伴有肝臟腫大和壓痛，B超檢查可排除梗阻性黃疸的聲像圖表現，僅見肝臟稍增大，肝實質回聲增強，密集等一般徵象，血清酶學檢查常有ALT，AST顯著升高，多數患者可檢查出肝炎的病毒標誌物。
(2)胰頭癌：胰頭癌以男性多見，發病年齡一般較大，黃疸常呈進行性加深，上腹部疼痛多與體位有關，平臥位時疼痛加重，而身體前傾時疼痛可減輕或緩解，十二指腸低張造影可發現十二指腸曲擴大，移位及胃腸受壓等徵象，B超，胰膽管造影(ERCP)及CT或MRI等檢查均可發現胰頭部的腫塊影。
(3)乏特壺腹癌：黃疸常為首發症狀，多呈進行性加深，胃腸鋇餐低張造影，胃鏡或十二指腸鏡檢查，B超，CT或MRI等檢查均可發現壺腹部的腫塊，對診斷極有幫助，內鏡下結合活組織檢查可作出病理診斷。
(4)其他疾病：膽石症還需與膽總管癌，原發性肝癌轉移至肝門部淋巴結(腫大的淋巴結可壓迫膽總管而致黃疸)等黃疸性疾病相鑑別。
