雖然典型的強直性脊柱炎或強直性脊柱炎的晚期並不難診斷，然而在強直性脊柱炎早期或遇到非典型病例時，卻常需與下列疾病鑑別:
⑴緻密性髂骨炎：緻密性髂骨炎常見於女性病人，多於產後發病，腰骶部疼痛比較輕，X線片在髂骨側可見到緻密帶，但骶骨側改變輕微，血沉等化驗室檢查無異常。
⑵骶髂關節結核：一般為單側骶髂關節受累，女性較多，多有結核病史或結核病史。X線片顯示病變以骨質破壞為主，緻密硬化不明顯，骨病灶內常可見死骨形成。
⑶機械性背痛：機械性背痛是由於脊柱結構變化所致的疼痛，如頸腰椎間盤突出、椎管狹窄等。強直性脊柱炎性腰背痛和機械性腰背痛在臨床上有時容易混淆，但兩者在臨床症狀及體徵、實驗室檢查方面均存在很大差異。最典型也最基本的不同點有兩條：一是脊柱炎多隱襲起病，緩慢發展，而機械性腰背痛起病急，病程短：二是活動後對疼痛的影響，脊柱炎活動後可以改善僵痛，而機械性腰痛恰恰會加重疼痛。
⑷增生性脊柱炎：多發生於40歲以上的中老年人，脊柱活動受限及駝背畸形相對較輕微，脊柱X線片可見椎間隙變窄，椎體邊緣骨質增生，血沉等化驗室查無異常。
