乙肝病毒是否感染人體並導致肝炎，不僅取決於乙肝病毒，更重要的是取決於人體免疫系統對乙肝病毒的反應。如果沒有藥物等外部作用，一般會經歷四個階段。
第1階段：免疫耐受階段。
乙肝病毒感染人體後，主要生活在肝細胞內。在這一階段，乙肝病毒主要在肝細胞中生存，而肝細胞中的乙肝病毒則主要在肝臟中生存。"我們要做的，就是讓乙肝病毒在肝臟中生存。他說："我是一個很有愛心的人，我希望我的孩子們都能健康成長。
乙肝病毒攜帶者處於這種免疫耐受狀態。
第二階段：免疫清除階段。
乙肝病毒在體內潛伏一段時間後（潛伏期因人而異），我們的免疫監視系統會慢慢發現這個 "敵人 "並啟動免疫反應，產生免疫細胞和抗體。這些抗體識別乙肝病毒的抗原並與之結合，形成免疫複合物。這些免疫複合物被體內的吞噬細胞吞噬，然後排洩到細胞外。
我們可以把肝細胞想象成一間房子，乙肝病毒是一群潛入的小偷，人體的免疫系統是房子裡的監視器，而免疫物質是警察。當監控系統發出警報時，一群警察從房子的各個方向趕來。當警察和小偷打架時，房子裡的門窗和傢俱就很容易被打破。
所以，處於免疫清除階段的肝細胞有炎症反應，因為病毒和免疫系統在 "打架"，把肝細胞搞得一團糟。肝細胞被 "打傷"，出現了炎症反應。此時，肝細胞的細胞膜通透性發生變化，甚至受損，細胞內的轉氨酶進入血液。肝功能檢查將顯示血清轉氨酶顯著增加（也稱為ALT水平升高），這是肝炎可能已經發生的跡象，攜帶者可能正在發展乙型肝炎，這時應考慮抗病毒治療。這時應考慮進行抗病毒治療。
第3階段：不活動期。
經過激烈的戰鬥，部分乙肝病毒將被免疫系統清除，或者通過積極的藥物治療清除病毒。我所說的病毒清除是指血液中不再能檢測到乙肝病毒的DNA，但一些病毒可能仍然留在肝臟中。在這個時期，乙肝病毒沒有活性，它的複製能力受到抑制，病毒水平很低，所以暫時不會掀起波瀾。
第四階段：反應期。
處於非活躍期的患者在某些誘因下可能會再次變得活躍，如免疫力下降或化療，肝臟可能再次出現炎症反應，也就是說，肝炎再次發作。
換句話說，處於第二和第四階段的乙肝病毒感染者是需要治療肝炎的人，而處於第一和第三階段的人暫時不需要治療，只要定期複查，按時監測他們的乙肝病毒和肝臟。
