在中國，先天性巨痣在整形外科臨床上一直缺乏十分理想的治療方法。傳統治療方法為分次切除病變組織，植皮覆蓋創面。這種方法在技術上不存在任何問題，但手術猶如“拆了東牆補西牆”，術後效果不佳。它雖能徹底根治先天性巨痣，但卻存在供皮區缺乏的問題，術後遺留了大片的線狀瘢痕和供區瘢痕，而且植皮區及供區的攣縮有可能對患兒的生長髮育產生不良影響。
化學剝脫法
化學剝脫法最初始於民間，其主要原理是用化學腐蝕劑破壞皮膚的痣細胞。現在主要有A-羥酸(AHA)、石炭酸、三氯醋酸(TCA)、間苯二酚等。有專家採用多次剝脫治療先天性巨痣21例，但此法尤其是感染後易出現瘢痕，為防止剝脫區出現色素沉著，晚間術區塗4%氫醌軟膏，白天遮光。石炭酸是最早的剝脫劑，剝脫層次較深，但對心臟和腎臟有毒性作用。三氯醋酸雖比石炭酸毒性小，但剝脫深度不及石炭酸。AHA是最溫和的剝脫劑，剝脫深度最淺，不良反應小。使用方便，療效可靠，在門診即可應用。
磨削法
用磨球磨除痣的損傷部位後，採用油紗或其他敷料包紮，嬰幼兒需按同面積燒傷進行補液和預防感染。早期治療是此法的關鍵，在一歲以內痣細胞尚未遷入到真皮深層之前，治療效果最佳，但其遠期效果有待進一步觀察。
激光治療
隨著醫用激光治療技術的發展，2004年以來，激光在先天性巨痣的治療中發揮了重要作用。現在超短波高能脈衝CO2激光綠寶石激光、Q開關紅寶石激光(QS2RL)、Q開關Nd:YAG激光(QSNYL)，均成功治療先天性巨痣。激光照射治療異常皮膚時，能去掉表皮和淺層真皮，創面通過重新表皮化而癒合。對面積廣泛，不能手術切除者，不失為一種安全有效的方法。
