乙肝疫苗是現代科學利用基因工程技術將乙肝病毒的基因片段插入酵母細胞或倉鼠卵母細胞的基因中，重新組成新的基因，利用這些細胞的複製生產出來含有乙肝病毒片段的疫苗。世界衛生組織2009年發佈的關於乙肝疫苗的立場性文件是指出：“一般認為，國際市場上現有的各種乙肝疫苗產品在免疫學上是相當的，可以交替使用。”美國疾病預防控制中心編寫的《疫苗可預防疾病流行病學和預防》一書在乙型肝炎一章中指出：“儘管疫苗的抗原含量不同，但不同廠家生產的疫苗可以互換使用，僅11～15歲青少年所用的2劑程序例外，該程序僅適用於默克疫苗。”但這種由美國默克公司生產的11～15歲青少年2劑程序未在我國上市。無論哪個廠家生產的乙肝疫苗都含有刺激機體產生抗體作用的病毒基因片段，它們的作用都是一樣的，因此可以交換使用。
少數兒童對乙肝疫苗的免疫反應較差，這可能與機體對疫苗的反應有關，也可能與疫苗的抗原結構有關。因此有醫生認為，對重組酵母乙肝疫苗免疫後低應答或無應答者換用高劑量的中國倉鼠卵巢細胞(CHO)疫苗或甲乙型肝炎疫苗聯合免疫，可提高免疫成功率。
乙肝疫苗與兒童常規使用的其他疫苗沒有相互作用。國內早有研究表明，乙肝疫苗與卡介苗、百白破疫苗、三價混合脊髓灰質炎活疫苗和乙型腦炎疫苗一起免疫接種相互間無干擾作用，國外也有文獻報道同時接種甲乙型肝炎聯合疫苗、百白破疫苗、麻疹疫苗、腮腺炎疫苗、脊髓灰質炎疫苗和流感嗜血桿菌疫苗是安全的，對免疫效果無影響。世界衛生組織關於乙肝疫苗的立場性文件是指出：“乙肝疫苗既有單價配方，也有與其他疫苗(如百白破疫苗、b型流感嗜血桿菌疫苗、甲肝疫苗和滅活脊髓灰質炎疫苗)一起製成的固定配方聯合疫苗，這些聯合疫苗的免疫應答和安全性與各疫苗成分單獨使用時相當。只有在出生時要求使用單價乙肝疫苗。”因此，除出生第一針乙肝疫苗外，以後也可以改用含有乙肝疫苗成分的其他聯合疫苗。
