一、慢性淋巴細胞性甲狀腺炎
目前的治療對消除該病尚無可靠方法，針對甲狀腺大小和甲狀腺功能異常可作對症處理。如甲狀腺功能正常，甲狀腺小、無明顯壓迫症狀可隨診觀察，若腫大的甲狀腺壓迫鄰近器官或影響外觀，有人提議服甲狀腺激素可使甲狀腺縮小，而且多數病例最終甲減，早期用藥比最終好。橋本病出現甲狀腺功能減低者以甲狀腺激素替代，L-T4好於甲狀腺片，小量開始，逐漸加量，直到腺體縮小，敏感TSH降至正常。當橋本病出現甲狀腺功能亢進時若為一過性可使用B受體阻滯劑，即使使 用抗甲狀腺藥物也應選擇小劑量、短時應用;若為橋本甲亢應按毒性瀰漫性甲狀腺腫治療，不需手術和碘131放療，除非抑制治療後甲狀腺腫大壓迫或懷疑惡變才 手術。糖皮質激素可以使腫大的甲狀腺變小，使抗體滴度下降，停藥後可再復發而且藥物有潛在不良反應，故不推薦使用。
預後：大多預後良好，自然發展為甲減趨勢(76%)，以往認為是永久的，但部分有替代後甲功自發恢復的情況。有些腫大的甲狀腺或結節可縮小或消失，由質韌變軟;本病有發展為淋巴瘤危險，甲狀腺癌發生率高於對照人群。
二、亞急性肉芽腫性甲狀腺炎
治療主要從兩方面進行：對症處理和針對甲功異常處理。症狀較輕的患者不需要特殊處理，僅使用非甾體抗炎藥就可緩解，一般服藥2周左右。對於全身症狀較重、持續高熱、疼痛明顯的患者可酌情使用糖皮質激素，首選強的松20-40mg/日，24小時症狀可緩解，1-2周後開始減量，據ESR指導用藥，過快減藥易 加重病情，療程1-2月，但部分患者減停藥困難或復發。
對於甲狀腺功能亢進不需要抗甲狀腺藥物和碘放療，常用B阻滯劑心得安對症。出現甲狀腺功能減退時，一過性時不一定非要用甲狀腺激素替代，若有臨床甲減症狀可臨時替代，但當發生永久性甲減時需甲狀腺激素終身替代。
