肝內膽管結石是指結石分佈在肝內膽管的某一分支內，也可分佈在某一區域肝葉、肝段的膽管內，臨床上發現左側多於右側。當肝內膽管的結石順著膽管進入肝外膽管時就成為肝外膽管結石，所以肝內膽管結石常伴發肝外膽管結石。
激素因素：膽結石病人中女性佔多數，其原因是由於女性身體中雌激素水平高，會影響肝內葡萄糖醛酸膽紅素的形成，使非結合膽紅素增高;雌激素又影響膽囊排空，引起膽汁淤滯，這樣極易形成結石。絕經後用雌激素者，膽結石發病率增多。
疾病因素：肝硬化病人膽結石的發生率明顯高於正常人，這與肝硬化病人身體中對雌激素滅活功能降低，雌激素水平較高，以及又有慢性溶血，膽囊收縮功能低下，膽囊排空不暢、膽道靜脈曲張、血中膽紅素升高等多種因素有關。蛔蟲感染者不注意飲食衛生感染蛔蟲病者，蛔蟲逆流至膽道產卵或死亡後，就會成為結石核心，生成結石。
肥胖因素：體重超過正常標準15%者，膽結石的發病率比正常人高5倍。肥胖者大多脂肪和膽固醇攝入過多，加之肥胖者大多活動少，易生膽結石。
飲食因素：飲食偏葷喜甜者，其脂肪和膽固醇攝入多，易形成膽固醇結石;甜食過多又促進胰島素分泌，會加速膽固醇沉積;經常不吃早餐會使膽酸含量減少，膽汁濃縮，利於結石形成。
遺傳因素：此外，遺傳因素影響膽結石的發生。故家裡的直系親屬如父母、兄弟姐妹或子女患有膽結石者，也是高危發生者。
肝外膽管結石：分為繼發性和原發性結石。繼發性結石主要是膽渡結石排進膽管並停留在膽管內，故多為膽固醇結石或黑色膽色素結石。原發性結石多為棕色膽色素結石或混合性結石，形成的誘因右膽道感染及膽道梗阻(包括膽道異物如蛔蟲殘體、蟲卵、縫線線結等)。
肝內膽管結石：又稱肝膽管結石，是我國常見而難治的膽道疾病。肝內膽管結石病因複雜，主要與膽道感染、膽道寄生蟲、膽汁停滯、膽管解剖變異、營養不良等有關。結石絕大多數為含有細菌的棕色膽色素結石，常呈肝段、肝葉分佈、但也有多肝段、肝葉結石。肝內膽管結石易進入膽總管併發肝外膽管結石。
水土地域因素：膽管結石在西北地區的發病率較南方明顯高，這與西北地區的水質、因素習慣不能說是沒有關係的，但是，這並不是哪個人能夠預防或者改變的。
