飲食因素(15%)：
低蛋白高碳水化合物飲食，β-葡萄糖醛酸酶抑制物葡萄糖二酸1-4內酯的含量減少，有利於β-葡萄糖醛酸酶使結合膽紅素水解為遊離膽紅素，不溶於水，容易發生沉澱，是形成結石的基礎。飲食結構與肝膽管結石的形成有關，這在發展中國家肝膽管結石發病率較高，可能是其中的原因之一。
膽道感染(25%)：
普遍認為膽道感染，特別是大腸埃希桿菌感染，產生細菌源β-葡萄糖醛酸酶，使結合膽紅素水解為遊離膽紅素。在膽道感染時膽管炎性黏液物質增加，凝聚作用增強，加以有鈣離子等金屬離子的參與，形成以膽紅素鈣為主的膽管結石。我國農村膽道蛔蟲發病率較高，相對膽道感染及肝膽管結石的發病率比較都市為高。同樣，肝膽管結石中的細菌含量也較膽固醇結石為多。並且肝膽管結石伴發急性化膿性膽管炎的機會多，都從不同側面說明膽道細菌感染與肝膽管結石發生發展的密切關係。
膽汁淤滯(20%)：
由於膽管狹窄，膽道梗阻或膽管囊狀擴張，繼之發生膽汁動力學改變，渦流、淤滯和細菌感染。遊離膽紅素沉澱，黏液膿性物的參與，形成褐黃色膽泥，進一步加重膽道梗阻，淤滯、感染，促使膽石的形成。臨床上常見的如先天性膽管囊狀擴張症，十二指腸乳頭旁憩室引起乳頭狹窄等，都是因為膽汁流動不暢，發生膽管結石。
疾病因素(25%)：
肝膽管結石往往在一些疾病基礎上發生，或與某些疾病有密切關係，這些疾病稱為肝膽管結石的背景疾病。例如肝硬化時膽汁中未結合膽紅素水平增高，膽汁酸組分異常，具有成石傾向。所以肝硬化時易發生膽管膽色素結石。Nicholas報告從屍檢資料證實，2377例肝硬化病人伴發膽石者佔30.8%，是正常人的 4～5倍。先天性膽管囊腫有50%以上伴髮結石。溶血性貧血患者，由於膽紅素代謝異常，也易發生膽色素結石等。
