1、B超診斷。B超是肝內膽管結石診斷的首選方法，一般估計診斷準確率為50%-70%。肝內膽管結石的超聲圖象變化較多，一般要求在結石遠端的膽管有擴張才能作出肝內膽管結石的診斷，因肝內管道系統的鈣化也具有結石樣的影像表現。
2、CT診斷。因肝內膽管結石主要是含膽紅素鈣的色素性結石，鈣的含量較高，故在CT照片能清楚地顯示出來，CT的診斷符合率為50%-60%。CT還能顯示出肝門的位置、膽管擴張及肝臟肥大、萎縮的變化，系統地觀察個層面CT照片，可以瞭解結石在肝內膽管分佈的情況。
3、X線膽道造影。X線膽道造影(包括PTC、ERCP、TCG)是用於肝內膽管結石診斷的經典方法，一般均能作出正確的診斷，PTC、ERCP、TCG的診斷符合率為80%-90%、70%-80%、60%-70%。X線膽道造影應滿足診斷和手術的需要，一個良好的膽道造影片應能夠全面瞭解肝內膽管系統的解剖學變異和結石的分佈範圍。
膽道造影應注意以下問題：
1、應有多方位X線攝片;
2、某一肝段或肝葉膽管不顯影時，應注意鑑別，結石梗阻只是其中的原因之一，應作其它檢查進行鑑別;
3、不要滿足某一處病變的診斷，因可能會造成漏診;
4、在分析膽道造影片時，儘可能取得最近的造影片，因病情可能有進展。
