人的大腦發育在出生後頭1年(特別是頭半年)是最重要的時期，故飲食治療應從新生兒開始。
1.苯丙酮尿症的飲食治療原則：
既要限制飲食中苯丙氨酸攝入量，又要給予足量的生長髮育所需要的營養物質。飲食治療如果在出生後5個月才開始，則大部分患兒有智力低下;4～5歲時才開始飲食治療，則只能使抽搐發作和行為異常得到減輕。
新生兒隨著年齡的增大，苯丙氨酸用於蛋白質合成的量將逐漸減少，需要代謝清除的量則逐漸增多，如果有PAH活性缺乏，苯丙酮酸也日益增多，因此飲食中的苯丙氨酸的量應隨年齡增長而逐漸減少。一般2個月新生兒苯丙氨酸攝入量為50～70mg/(kg·d);3～6個月40mg/(kg·d);2歲 25～30mg/(kg·d);4歲以上10～30mg/(kg·d)。
2.苯丙酮尿症飲食治療的目的
是使血中苯丙氨酸保持在0.24～0.6mmol/L。國內供應的低苯丙氨酸食品有苯酮康和苯酮寧代奶粉。患兒可以在此種低苯丙氨酸食品餵養的基礎上輔以母乳和牛奶。每100ml母乳含苯丙氨酸約40mg，每30ml牛乳含50mg。限制苯丙氨酸攝入的特製食品價貴，操作起來有一定困難。至於飲食中限制苯丙氨酸攝入的飲食治療到何時可停止迄今尚無統一意見，一般認為要堅持10年。因為接受低苯丙氨酸飲食治療者血中苯丙氨酸水平比未嚴格或放鬆飲食中苯丙氨酸攝入者比較，血中苯丙氨酸水平較低，智商也高(12個月治療結果)，精神神經病變也得到改善，至於治療到甚麼時候飲食治療可以放鬆則沒有肯定。
在限制苯丙氨酸攝入飲食治療的同時，聯合補充酪氨酸或用補充酪氨酸取代飲食中限制苯丙氨酸的飲食治療，較多學者認為不需要也不可能替代。飲食中補充酪氨酸可以使毛髮色素脫失恢復正常，但對智力進步無作用。
在限制苯丙氨酸攝入的飲食治療過程中，應密切觀察患兒的生長髮育、營養狀況及血中苯丙氨酸水平及副作用。副作用主要是其他營養缺乏，可出現腹瀉、貧血(大細胞性)、低血糖、低蛋白血癥和煙酸缺乏樣皮疹等。
對嬰兒可餵給特製的低苯丙氨酸奶粉;為幼兒添加輔食時應以澱粉類、蔬菜和水果等低蛋白質食物為主。由於苯丙氨酸是合成蛋白質的必需氨基酸，缺乏時亦會導致神經系統損害，故仍應按每日30-50mg/kg適量供給，以能維持血中苯丙氨酸濃度在0.12～0.6mmol/L(2～10mg/dl)為宜。
