1.一般治療口腔與生殖器黏膜潰瘍多能自發緩解，無需治療。急性關節炎可臥床休息，避免固定關節夾板以免引起纖維強直和肌肉萎縮。當急性炎症症狀緩解後，應儘早開始關節功能鍛鍊。
2.非甾類抗炎藥(NSAIDs)本類藥物種類繁多，包括雙氯芬酸鈉、洛索洛芬鈉、美洛昔康、吲哚美辛和塞來昔布等，但療效大致相當。具體選用因人而異，可減輕關節腫脹和疼痛及增加活動範圍。是早期或晚期患者症狀治療的首選。
3.抗生素抗生素的治療仍有爭議。對於獲得性反應性關節炎，短期使用抗生素(氧氟沙星或大環內酯類抗生素)治療併發的尿道感染可能減少有反應性關節炎病史患者的關節炎復發風險，但對於已有的關節炎本身是否有益尚缺乏證據，另外也不推薦長期抗生素治療慢性反應性關節炎。而對於腸道型反應性關節炎，抗生素治療常常無效，並不推薦於反應性關節炎發生之後使用。
4.糖皮質激素對非甾類抗炎藥不能緩解症狀的個別患者可短期用糖皮質激素，但口服治療既不能阻止本病發展，還會因長期治療帶來不良反應。外用糖皮質激素和角質溶解劑對溢膿性皮膚角化症有用。關節內注射糖皮質激素可暫時緩解膝關節和其他關節腫脹。對足底筋膜或跟腱滑囊引起的疼痛和壓痛可局部注射糖皮質激素治療，使踝關節早日活動以免跟腱變短和纖維強直。必須注意避免直接跟腱內注射，這樣會引起跟腱斷裂。
5.慢作用抗風溼藥當非甾類抗炎藥不能控制關節炎，關節症狀持續3個月以上或存在關節破壞的證據時，可加用慢作用抗風溼藥，應用最廣泛的是柳氮磺吡啶，對於重症不緩解者可試用甲氨蝶呤和硫唑嘌呤等免疫抑制劑。
6.生物製劑腫瘤壞死因子(TNF)抑制劑已成功地用於治療其他類型的血清陰性脊柱關節炎，如強直性脊柱炎和銀屑病關節炎等，目前國內上市的腫瘤壞死因子抑制劑包括依那西普、英夫利昔單抗、阿達木單抗。但對反應性關節炎尚缺乏隨機對照的研究驗證其有效性和安全性。一些小樣本的開放研究或病例報道表明其可能有效。
