常見的併發症為腦血栓、腦膿腫及感染性心內膜炎等。
1、腦血管意外：多發神經在2歲以下的患兒，由於血細胞比容增高，血液粘滯度增高，易導致腦血栓形成和腦栓塞，特別是因某些因素引起患兒脫水時，更易出現。腦栓塞時，患兒表現為突然意識障礙或偏癱。
2、腦膿腫多發生與2歲以上的患兒。可能是靜脈血中有被細菌感染的栓子，由分流部位直接循環至主動脈而進入腦部;或因血液粘滯度增高，引起腦血管血栓形成，然後感染而形成腦膿腫;又或由於腦血流減少，使腦組織缺氧引起局灶性腦組織軟化並繼發感染。患兒表現為發熱、頭痛、嘔吐、嗜睡、還有抽搐、偏癱等定位體徵。
3、感染性心內膜炎發生部位多在肺動脈總幹分叉處，多見於心臟手術後的患兒，病死率較高。當患兒有不可解釋的發熱時，應該考慮有感染性心內膜炎。
4、出血傾向TOFD的患兒常有血小板減少或凝血機制異常，引起出血。
