1、飲食改變和輔食刺激：
嬰幼兒期為腸蠕動節律處於較大變化時期，易發生腸蠕動紊亂，且外界引起腸套疊的因素較多，如增添輔食或食物性質、環境、氣溫的改變，腸管本身疾病如腸炎等誘發腸蠕動紊亂而引起腸套疊。
2、局部解剖因素：
嬰幼兒回盲部較遊動，迴盲瓣呈唇樣凸入盲腸，當迴腸蠕動發生異常時，即可牽拉腸壁形成套疊。
3、病毒感染或其他原因：
引起回盲部集合淋巴結腫大因素：小兒腺病毒或輪狀病毒感染後，可引起末端迴腸集合淋巴結增生，局部腸壁增厚，甚至形成腫物向腸腔突起構成套疊起點，加之腸道受病毒感染或其他原因刺激，蠕動增強，導致發病。
4、免疫反應不平衡因素：
原發性腸套疊多發生於1歲以內，是機體免疫功能不完善時期，腸壁局部免疫功能易破壞，蠕動紊亂而誘發腸套疊。繼發性腸套疊多因腸壁或腸腔內器質性病變，如腸息肉、腫瘤、腸壁血腫、梅克爾憩室、腸囊腫翻入腸腔，牽帶腸壁作為起點而引起腸套疊，發病率約佔2%～5%。
