(1)陣發性哭吵：常見既往健康肥胖的嬰兒，突然出現陣發性有規律的哭鬧，持續約10～20分鐘，伴有手足亂動、面色蒼白、拒食、異常痛苦表現，然後有5～10分鐘或更長時間的暫時安靜，如此反覆發作。此種陣發性哭鬧與腸蠕動間期相一致，由於腸蠕動將套入腸段向前推進，腸繫膜被牽拉，腸套疊鞘部產生強烈收縮而引起的劇烈疼痛，當蠕動波過後，患兒即轉為安靜。腸套疊晚期合併腸壞死和腹膜炎後，患兒表現萎靡不振，反應低下。
(2)嘔吐 初為奶汁及乳塊或其他食物，以後轉為膽汁樣物，1～2天后轉為帶臭味的腸內容物，提示病情嚴重。
(3)腹部包塊 在2次哭鬧的間歇期檢查腹部，可在右上腹肝下觸及臘腸樣、稍活動並有輕壓痛的包塊，右下腹一般有空虛感，腫塊可沿結腸移動，嚴重者可在肛門指診時，在直腸內觸到子宮頸樣腫物，即為套疊頭部。
(4)果醬樣血便 嬰兒腸套疊發生血便者達80%以上，為首要症狀就診，多在發病後6～12小時排血便，早者在發病後3～4小時即可出現，為稀薄黏液或膠凍樣果醬色血便，數小時後可重複排出。
(5)肛門指診 有重要臨床價值，有些來診較早患兒，雖無血便排出，但通過肛門指診可發現直腸內有黏液血便，對診斷腸套疊極有價值。
(6)全身狀況 依就診早晚而異，早期除面色蒼白，煩躁不安外，營養狀況良好。晚期患兒可有脫水，電解質紊亂，精神萎靡不振、嗜睡、反應遲鈍。發生腸壞死時，有腹膜炎表現，可出現中毒性休克等症狀
