(一)管理傳染源 疫區內應滅鼠，管理好豬、犬、羊、牛等家畜，加強動物宿主的檢疫工作。發現病人及時隔離，並對排洩物如尿、痰等進行消毒。
(二)切斷傳染途徑 應對流行區的水稻田、池溏、溝溪、積水坑及準備開荒的地區進行調查，因地制宜地結合水利建設對疫源地進行改造;加強疫水管理、糞便管理、修建廁所和改良豬圈、不讓畜糞、畜尿進行附近池溏、稻田和積水中;對汙染的水源、積水可用漂白粉及其他有效藥物進行噴灑消毒;管理好飲食，防止帶菌鼠的排洩物汙染食品。
(三)保護易感人群
1.個人防護 在流行區和流行季節。禁止青壯年及兒童在疫水中游泳、涉水或捕魚。與疫水接觸的工人、農民儘量穿長統靴和戴膠皮手套，並防止皮膚破損、減少感染機會。
2.採用多價菌苗 在常年流行地區採用多價菌苗，包含當地流行株菌苗有3價(含黃疸出血型、秋季型、蔡羅尼型)、5價(黃疸出血型、犬型、流感傷寒型、波摩那型、秋季型或澳洲型)兩大類。均可製成普通菌苗(每毫升含菌約2億)和濃縮菌苗(每毫升含菌約6億)兩種。被注射者可產生對同型鉤體的免疫力，維持1年左右。接種對象為易感人群及疫水接觸者。預防接種宜在本病流行前1個月，成人每1次皮下注射1ml，第2次ml;2～6歲第1次和第2次分別為0.25和0.5ml;7～14歲按成人量減半。各年齡組2次注射的間隔時間均為7～10天。接種後1個月左右才能產生免疫力。因此預防接種應在農忙前完成(每年～5月份進行)。對於支逐人員，須全程注射菌苗後1～5天才能進入疫區工作。接種後免疫力可保持一年左右。因而要求菌苗接種必須全程，注射一針免疫效果不顯，注射二針才能降低發病率或減輕症狀。新的疫區需連續普種3～4年，方能使疫情穩定。
對實驗室、流行病學工作人員以及新進疫區的勞動者，疑及感染本病者但尚無明顯症狀時，可每日肌注青黴素G80～120萬u，連續2～3天做為預防用藥。
