懷孕和哺乳期使用眼科藥物的情況知之甚少。應注意局部眼用藥物的潛在副作用和致畸性，這些藥物可通過鼻淚管被全身吸收。
妊娠期和哺乳期用藥應遵守以下兩個原則：
1.在治癒疾病的前提下，在儘可能短的時間內應用盡可能小的劑量。
2.滴藥後，壓迫鼻淚管可減少藥物的全身吸收。食指壓迫內眥與鼻翼之間3-5分鐘。
青光眼的慢性病程需要持續用藥，而懷孕期間的治療有其特殊性。β-受體阻滯劑被認為是相對安全的藥物，但在妊娠早期應避免使用，在妊娠的其餘時間應使用最低劑量。應在分娩前2-3天停藥，以減少藥物對宮縮的潛在影響，並防止新生兒併發症，如心動過緩和窒息。β-受體阻滯劑可通過乳汁分泌，應觀察嬰兒的體徵（如心動過緩、窒息），建議服用該藥的孕婦不要哺乳。
膽鹼酯酶抑制劑的作用沒有很好的報道。有報道稱，使用全身性膽鹼酯酶抑制劑的孕婦所生的新生兒有短暫的肌肉無力。有報道稱，有一例在整個懷孕期間使用皮羅卡平，嬰兒健康。孕婦在足月時使用匹羅卡品可引起新生兒發熱、癲癇發作、哭鬧和出汗。
據報道，口服碳酸酐酶抑制劑可引起人和動物的畸形，在懷孕期間應避免使用。腎上腺素可通過胎盤影響子宮收縮，並可減少流向子宮的血液，導致胎兒缺氧。然而，目前尚無關於地匹福林對妊娠影響的資料。
其他擴瞳藥物，如阿托品、後馬託品和東莨菪鹼的全身用藥可引起小的胎兒畸形。東莨菪鹼也可引起新生兒心動過速、發熱和嗜睡。目前尚無關於短效抗膽鹼藥物如托維菌素和環戊酮的不良反應的資料。
外用皮質類固醇的致畸作用尚未得到證實。動物研究表明，全身應用可引起胚胎畸形，但對人體的影響尚未得到證實。有報告稱，孕婦在整個孕期服用皮質類固醇後，嬰兒的雙眼都有白內障。全身皮質類固醇可通過母乳分泌，影響後代的生長並抑制新生兒的內源性皮質類固醇分泌。給予皮質類固醇是母乳餵養的相對禁忌症。
懷孕期間，對於危及視力的眼部感染，有必要使用局部抗生素。外用紅黴素多粘菌素B被認為是最安全的，沒有致畸作用的報道。
氨基糖苷類藥物如慶大黴素新黴素和妥布黴素可引起胎兒耳毒性，但常規局部用藥與全身應用不同。理論上講，孕晚期應用磺胺類藥物可引起嬰兒高膽紅素血癥，孕中晚期應用四環素可引起乳牙著色，故哺乳期也應避免應用。
抗病毒藥物有潛在的致畸作用，在妊娠和哺乳期應避免使用。抗真菌藥可以穿過胎盤，但目前還沒有關於其致畸作用的資料。
