肩關節疼痛可以是肩關節本身的疾病，如肩關節的炎症，包括有細菌感染的炎症和無細菌感染的炎症，分為特異性感染和非特異性感染，包括結核分枝桿菌、傷寒桿菌等特異性細菌感染，以及鏈球菌、葡萄球菌等非特異性感染。
無菌性炎症的種類更多，有關節炎、類風溼性關節炎、骨關節炎、過敏性關節炎、痛風性關節炎、強直性脊柱炎等等。損傷是導致肩部疼痛的最常見原因。損傷可以是由明確的暴力動作引起的暴力性損傷，暴力性損傷可以導致肩關節的骨性損傷，即骨折，而更常見的是肩關節內外的軟組織損傷，如：關節囊、韌帶、肌腱、肌肉、盂唇、軟骨損傷等。肩關節疼痛的原因還可能是肩關節腫瘤，包括良性、惡性和轉移性腫瘤。
有時肩部疼痛不一定是由肩關節本身引起的。頸部疾病，如最常見的頸椎病，可引起肩痛。心臟病，如心肌梗塞和心絞痛，有時可放射到左肩，被誤診為肩周炎。膽囊疾病、膽結石和膽囊炎疼痛向右肩放射，也可能被誤認為是肩周炎。總之，有許多疾病可以引起肩部疼痛，對肩部疼痛應仔細診斷，明確病因，對症治療。
