1、感染因素
（1）腸道感染
可由病毒、細菌、真菌和寄生蟲引起，前兩者較常見，尤其是病毒。
1）病毒感染 寒冷季節80%的小兒腹瀉是由病毒感染引起。病毒性腸炎的主要病原體是輪狀病毒，其次是諾如病毒、天皰瘡病毒、柯薩奇病毒、埃科病毒、冠狀病毒等。
2）細菌感染 ①致腹瀉的大腸桿菌包括：致病性大腸桿菌、毒性大腸桿菌、侵襲性大腸桿菌、出血性大腸桿菌、粘附聚集性大腸桿菌。② 彎曲桿菌 與腸炎有關的彎曲桿菌屬有空腸型、結腸型和胎兒型3種，95%～99%的彎曲桿菌腸炎是由胎兒彎曲桿菌和空腸彎曲桿菌引起。③其他包括鼠疫耶爾森菌、沙門氏菌（主要是傷寒沙門氏菌和其他非傷寒和副傷寒細菌）、嗜水氣單胞菌、艱難梭菌、金黃色葡萄球菌、綠膿桿菌和麴黴菌。
3)真菌 引起腹瀉的真菌是白色念珠菌、麴黴菌和毛黴菌。在嬰兒中，白色念珠菌更為常見。
4）寄生蟲 常見的有藍氏賈第蟲、阿米巴蟲和隱孢子蟲。
（2）腸外感染
有時引起消化功能紊亂和腹瀉症狀，即症狀性腹瀉。年齡越小，越常見。腹瀉並不嚴重，糞便形態變化輕微，為稀糊狀，含有少量粘液，沒有大量水和膿血，糞便數量略有增加，常見於上呼吸道感染、支氣管肺炎、中耳炎等。腹瀉的症狀會隨著原有疾病的改善而消失。
使用抗生素引起的腹瀉：常表現為慢性、長時間的腹瀉。長期使用廣譜抗生素，一方面使腸道內有害菌、耐藥金黃色葡萄球菌、艱難梭菌、綠膿桿菌等大量繁殖，另一方面使雙歧桿菌等有益菌減少，微生態失衡而發生腹瀉，大便性質與細菌侵害的部位有關，病情可輕可重。
2.非感染性因素
（1）飲食護理不當 多見於人工餵養的兒童。以不規則、不適當或澱粉類食物作為主食餵養，或飲食中脂肪過多，斷奶後突然改變食物品種，均可引起輕、中度腹瀉（消化不良）。氣候突變、腹部受涼導致腸道蠕動增加、過熱導致消化液分泌減少、口渴和牛奶攝入過多導致消化道負擔增加，都容易誘發腹瀉。大便稀薄或蛋花湯樣，無膿血，有酸臭味，如不及時控制，易併發腸道感染。
（2）過敏性腹瀉，如對牛奶或豆製品過敏而引起的腹瀉。
（3）原發性或繼發性二糖酶（主要是乳糖酶）缺乏或活性降低 腸道對糖的吸收不良引起腹瀉。
(4) 氣候因素 氣候突然變化，腹部降溫導致腸道蠕動增加，天氣炎熱時消化液分泌減少，或因口渴而飲用過多牛奶，都會引發消化功能紊亂而導致腹瀉。
