1.糞便常規檢查：大便顯微鏡檢查，注意有無膿細胞，白細胞，紅細胞與吞噬細胞，還應注意有無蟲卵，寄生蟲，真菌孢子和菌絲，有時需反覆幾次才有意義，有助於腹瀉病的病因和病原學診斷。
2.大便培養：對確定腹瀉病原有重要意義，1次糞便培養陽性率較低，需多做幾次，新鮮標本立即培養可提高陽性檢出率。
3.大便乳膠凝集試驗：對某些病毒性腸炎有診斷價值，如輪狀病毒，腸道腺病毒等，有較好敏感性和特異性，對空腸彎曲菌腸炎的診斷有幫助。
4.酶聯免疫吸附試驗：對輪狀病毒有高度敏感性，特異性，有助於輪狀病毒腸炎和其他病毒性腸炎診斷。
5.聚丙烯酰凝膠(PAGE)電泳試驗：此法可檢測出輪狀病毒亞群及不同電泳型，有助於輪狀病毒分類和研究。
6.糞便還原糖檢查：雙糖消化吸收不良時，糞便還原糖呈陽性，pH值<6.0，還原糖檢查可用改良斑氏試劑或Clinitest試紙比色，繼發性雙糖酶缺乏遠較原發性多見，原發性者以蔗糖-異麥芽糖酶缺乏最常見。
7.糞便電鏡檢查：對某些病毒性腸炎有診斷價值，如輪狀病毒性腸炎，諾沃克病毒性腸炎等。
8.血白細胞計數和分類：病毒性腸炎白細胞總數一般不增高，細菌性腸炎白細胞總數可增高或不增高，半數以上的患兒有桿狀核增高，桿狀核大於10%，有助於細菌感染的診斷。
9.血培養：對細菌性痢疾，大腸埃希桿菌和沙門菌等細菌性腸炎有診斷意義，血液細菌培養陽性者有助於診斷。
10.血生化檢查：對腹瀉較重的患兒，應及時檢查血pH，二氧化碳結合力，碳酸氫根，血鈉，血鉀，血氯，血滲透壓，對於診斷及治療均有重要意義。
11.其他：對遷延性和慢性腹瀉者，必要時作乳糖，蔗糖或葡萄糖耐量試驗，呼氣氫試驗(一種定量非侵入性測定碳水化合物吸收不良的方法，有條件可以應用)，也可作纖維結腸鏡檢查。
