西紅柿上主要病害有早疫病、晚疫病、灰黴病、葉黴病、病毒病等，主要蟲害有白粉蝨、蚜蟲等。
一、播種期防治
1、因地制宜選用商品性好、產量高的抗(耐)病品種，如毛粉802、佳粉17、佳粉10號等。
2、種子處理：利用高溫對種子進行處理，殺死表面附著的病原菌。針對當地的主要病害選用下述消毒方法。
(1)溫湯浸種：把種子放入55℃熱水，維持水溫均勻浸泡15分鐘，主要防治葉黴病、潰瘍病、早疫病。
(2)磷酸三鈉浸種：先用清水浸種3-4小時，再放入10%磷酸三鈉溶液中浸泡20分鐘，撈出洗淨，主要防治病毒病。
3、苗床消毒：用50%多菌靈可溼性粉劑與50%福美雙可溼性粉劑按1：1混合，或25%甲霜靈可溼性粉劑與70%代森錳鋅可溼性粉劑按9：1混合，按每平方米用藥8—10克與15—30公斤細土混合。播種時1/3鋪在床面，其餘2/3蓋在種子上。
4、安裝防蟲網：棚室的放風口用防蟲網封閉，孔徑為25-40目，幅寬1-1.2米，覆蓋在放風口處。
二、生長期防治
(一)灰黴病 棚室種植的番茄發病重。
1、適當增施磷鉀肥，提高植株抗病能力。採用滴灌、膜下暗灌技術，防止大水漫灌。發病初期及時摘除殘留花瓣及柱頭,清除病葉、病果，拔除病株，防止病害蔓延。
2、生態防治：以增溫、排溼為目標，加強通風管理。具體做法是：晴天上午先閉棚升溫，當溫度達28-30攝氏度時持續1小時後開始放頂風;中午繼續放風，溫度保持在20-25攝氏度;下午溫度到18-20攝氏度時關閉通風口;夜溫保持在14-16攝氏度，相對溼度保持在70%-80%。陰天也要在中午短時通風換氣。
3、藥劑防治：煙劑燻蒸、粉塵法防治病蟲，同常規噴霧相比具有不增加棚內溼度、減輕勞動強度、節省農藥等優點，根據具體情況可選用不同的施藥方法。
(1)科學噴花：噴花時，在配好的藥液中加入0.1%速克靈可溼粉及少量鏈黴素水劑，可預防病菌從開敗的花處侵染果實。
