臨床上大多數尿路結石需要通過手術方法粉碎並排出體外，部分尿路結石可以通過服藥自行排出。
首先，醫生要根據檢查結果，判斷結石的位置、大小、腎臟積水的程度，對於有機會藥物排石的患者，給予藥物治療。市售常用藥物有：排石顆粒、金錢草顆粒等。
運用名老中醫驗方“泉通方”排石，經臨床驗證，能有效提高排石率，部分患者甚至避免了手術治療。
值得注意的是：對於合併腎積水的患者，排石等待時間應控制在2-3周以內，如果仍不能排出，或疼痛劇烈者，則需要及時手術治療，以防止腎功能不可逆的損傷。
隨著醫學科技的發展，尿路結石的手術方法越來越微創化，從最早的開放取石術，到體外衝擊波碎石術，到輸尿管腎鏡碎石取石術，到經皮腎鏡碎石取石術，無不體現了微創的原則。
其中，輸尿管腎鏡碎石取石術，利用人體泌尿道的自然腔道置入手術器械，創傷小，恢復快，療效好，是目前國內的主流技術。
