無論是開放手術還是微創手術都有一定的併發症，各種併發症的發生與患者的一般情況、是否合併其他疾病、脊柱疾病本身的複雜程度以及醫生的水平等因素均有很大的關係。如果患者是高齡，合併有心臟病、高血壓、糖尿病、腦血管病等各種疾病，那麼併發症就相對較高；如果病人脊柱疾病十分複雜，那麼併發症也會相對較高。一般來說，只要嚴格把握適應證，在有經驗的脊柱外科醫生操作下，脊柱微創手術的併發症不會比常規手術更高，而且由於脊柱微創切口相對較小，對組織損傷小，其所引起的術後殘留性腰痛及切口感染等相關併發症反而會更少。
常規開放手術和微創手術方法治療脊柱疾病術後患者均有出現疾病復發的可能性，以腰椎間盤突出症為例，手術後復發的主要原因是：椎間盤摘除不夠乾淨，脫出或遊離的椎間盤未摘除而遺留在椎管中，患者術後臥床時間不夠，過早下地活動，側隱窩和神經根管處減壓不夠徹底等。文獻報道的常規開放手術椎間盤突出症複發率一般在3~5％左右，而經驗豐富的脊柱外科醫生在進行內鏡下微創椎間盤摘除術時其術後複發率與常規開放手術相當，有時甚至低於開放手術。所以脊柱微創手術複發率並不會比常規開放手術的複發率高，關鍵在於醫生的經驗和手術指證的把握。
