Barker等人于1985年首次将磁刺激引入中枢神经系统，将运动诱发电位从难以忍受的经颅电刺激时代带入无痛无创的经颅磁刺激时代，使之真正在临床上得到常规应用，为众多神经系统疾病的诊断和预后评估提供了不可或缺的神经生理学方法。经颅磁刺激运动诱发电位是目前评估中枢运动神经系统的唯一可行的神经生理学工具。它主要被用来辅助诊断涉及运动功能的神经系统疾病（如运动神经元病、多发性硬化症）和预测结果（缺血性脑血管病等）。
1989年，重复经颅磁刺激（rTMS）问世，其应用被扩展到各种神经精神疾病的治疗。1993年，重复经颅磁刺激治疗抑郁症的第一个病例报告；1994年，重复经颅磁刺激治疗帕金森病的第一篇文章；此后，又有许多相应的研究。1993年出现了第一份重复经颅磁刺激治疗抑郁症的病例报告；1994年发表了第一篇重复经颅磁刺激治疗帕金森病的文章；此后，研究领域扩大到缺血性脑血管病、认知功能障碍（痴呆）、焦虑、强迫症、偏头痛，甚至难治性癫痫，以及失语症、吞咽困难和耳鸣。
