結膜炎分為兩類：感染性和非感染性。感染性結膜炎包括細菌性、病毒性和衣原體感染等。治療主要是根據病原體，必要時輔以人工淚液和其他支持性治療。
1.細菌性結膜炎。主要特點是結膜明顯充血和粘液膿性分泌物，其致病微生物為葡萄球菌、肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌等。細菌性結膜炎常用的抗生素藥物有氨基糖苷類（如慶大黴素、新黴素、妥布黴素等）、氟喹諾酮類（如加替沙星、諾氟沙星、氧氟沙星等）、氨基糖苷類（如氯黴素）、四環素類、大環素類（如紅黴素、利福平）等。首次治療病因不明確時，應首選廣譜抗生素，提倡不同類型的抗生素聯合使用，兼顧球菌和桿菌，嚴重時應根據致病菌的藥敏試驗使用藥物。但眼科抗菌藥物存在侷限性，廣譜抗菌藥物的廣泛使用導致的細菌耐藥性增加和抗菌藥物本身的藥代動力學缺陷已成為首要問題，如何提高藥物的親和力，減少用藥次數，降低副作用，提高藥效是目前眼科抗菌藥物面臨的問題。
2、病毒性結膜炎。可由腺病毒、單純皰疹病毒和水痘-帶狀皰疹病毒引起。嚴重的病毒性結膜炎患者可能訴說明顯的畏光和異物感，患者可能有纖維素性假膜和炎症細胞和/或結膜表面的局灶性角膜炎症。急性期的治療可包括抑制病毒複製的抗病毒藥物，如干擾素眼藥水、0.1%阿昔洛韋眼藥水和更昔洛韋眼藥凝膠。抗菌眼藥水是為了治療合併的細菌感染而添加的。出現嚴重假膜時可考慮使用皮質類固醇眼液，但應密切監測皮質類固醇的副作用，如眼壓升高和病毒感染加重。
3.衣原體感染。可使用15%磺胺醋酸鹽鈉或0.1%利福平眼藥水。非感染性結膜炎與免疫反應密切相關，臨床上常見的有體液免疫介導的春季結膜炎、過敏性結膜炎等，細胞免疫介導的水泡性結膜炎，以及自身免疫性疾病，如干燥性角結膜炎、結膜麴黴病、Stevens -Johnson綜合症等。
對於春季結膜炎，在急性期可使用皮質類固醇眼藥水5-7天，頻繁點藥（每兩小時一次），好轉後迅速減量。肥大細胞穩定劑（色甘酸鈉）、抗組胺藥（艾美婷）以及同時具有肥大細胞穩定和抗組胺作用的帕坦醇眼藥水，可用於使用上述藥物治療後仍有明顯症狀的頑固病例。2%環孢素滴眼液通常可以迅速控制症狀，但停藥2-4個月後會有復發的傾向。
過敏性結膜炎的局部眼用藥物治療原則與春季結膜炎相同，只是要尋找和避免過敏原。水泡性結膜炎的治療主要是使用皮質類固醇眼藥水。自身免疫性結膜炎用免疫抑制劑治療，如環孢素眼藥水和人工淚液。皮質類固醇需要謹慎使用，密切注意眼壓，防止角膜裂解和穿孔。
