雖然過敏性疾病的遺傳學研究在很大程度上幫助我們瞭解了疾病的發病機理，但是對於過敏性疾病的遺傳學研究還存在很大的潛力，更好地理解其遺傳學特質可以推動過敏性疾病未來的診斷和治療。
（一）、預測疾病發生
過敏性疾病的遺傳學研究經常受到這樣的質疑：發現的遺傳因子對個體疾病的發生是否具有預測作用？在某種程度上，臨床上對於過敏性疾病家族史的參考本身就是對遺傳風險評估的一種變相應用。而且，臨床實踐也證明了其具有一定的可靠性。但是，我們現在還沒能將遺傳學研究快速累積的研究成果應用於臨床醫療工作中，這反映了基因和環境間複雜的相互作用共同引發疾病並影響 了在典型疾病表型個體的疾病進程，同時也意味著每個基因變異對於預測疾病風險的貢獻都較小，在典型的基因型個體中相對風險大約為1.1～1.5。
但是，相信隨著我們對疾病遺傳學研究的深入，其預測疾病發生的效力會越來越大，最終應用於臨床的疾病診斷。例如，對50個與疾病發生相關的基因的模擬研究發現當基因型相對風險是1.5或是風險等位基因頻率是10％的時候，就會達到0.8的ROC曲線下面積（Area Under the ROC Curve，AUC），提示該模型良好的預測疾病效果，但是否遺傳學檢測可以用於未來的疾病的風險評估進而促進預防和診斷仍有待深入研究。最近一項有關於遺傳因素對Ⅱ型糖尿病發病風險的研究證實，遺傳變異在疾病的預測能力上十分有限。由此可見對常見覆雜疾病遺傳學研究的過度關注及高估遺傳學在複雜疾病中的重要作用是否恰當。但是，我們仍需樂觀的看到：進一步確定疾病發生的遺傳危險因素並提出更好的分析這些因素的模型對於提高遺傳因素在疾病發展中的預測及在未來探索新的治療策略上還是具有重要意義的。比如對於過敏性疾病，最近發現患有溼疹和食物過敏的兒童中，FLG基因的變異對預測後期的兒童過敏性哮喘達到了百分之百的陽性預測價值（Positive Predictive Value, PPV）。
（二）、預測哮喘亞型
對於哮喘或其它過敏性疾病的單一化觀點將注意力全部集中在了Th2反應偏移以及過敏相關細胞的活化上，如肥大細胞、嗜鹼性粒細胞和嗜酸性粒細胞，這種單一化的觀點不能解釋為甚麼在具有特應性表型的人群中，特異器官（如肺部、鼻部和皮膚）的過敏性疾病的發生尚且需要局部的遺傳和環境因素的作用。除此之外，用針對T細胞受體如CD25、IL-5、TNF-a的生物製劑治療過敏性疾病只在有限的患者中起到了較好的療效，說明這些人群只代表了過敏性疾病人群中的一部分亞型群體。所以，在區分基因-環境相互作用的基礎上定義哮喘表型亞型的概念至關重要，也有利於未來引導個性化的藥物治療。
（三）、預測疾病嚴重程度
疾病的遺傳學研究還可能在預測疾病的嚴重程度上發揮重要作用，預測哪些人群的疾病發病較重，可以在臨床治療上採取提前的干預措施。已有證據表明許多遺傳學疾病是受到修飾性基因而非疾病易感基因的調控。哮喘等過敏性疾病的修飾基因的探索易感性、環境及治療因素間的複雜相互作用而變得困難重重，儘管如此，很多研究還是發現了有關哮喘嚴重程度的修飾基因。未來，發現這些有關疾病嚴重程度的標記基因可以讓我們把更多的醫療資源投入到那些可能發生嚴重疾病的個體，從而降低發病率和死亡率。
（四）、個性化藥物治療
遺傳藥理學是研究遺傳學對於藥物治療反應的個體化差異的影響的一門學科，近年來備受關注。針對哮喘患者的遺傳藥理學研究主要聚焦在支氣管擴張劑、吸入性類固醇激素和白三烯調節劑上，這些研究顯示其遺傳藥理學作用可能會因為單核苷酸多態性而改變藥理學靶點及其代謝系統的表達和功能，進而影響對哮喘治療的療效。鑑於此，對這些遺傳藥理學作用進行基於候選基因和全基因組水平的表徵的分類，將有利於哮喘以及過敏性疾病的個性化治療。誠然，如何解釋遺傳藥理學作用及其臨床意義仍是目前極具挑戰性的問題。
